15 июня 1940 года Красная Армия заняла Литву и создала Литовскую Советскую Социалистическую Республику. Литовская армия была преобразована в 29-й стрелковый корпус Красной Армии. Политические репрессии и террор использовались, чтобы заставить замолчать критиков и подавить любое сопротивление. Всего за неделю до восстания, около 17 тысяч литовцев, в основном интеллигенция, были увезены целыми семьями и депортированы в Сибирь, где многие погибли из-за нечеловеческих условий жизни. Эта трагедия изначально получила положительную предрасположенность к немецкому вторжению. Люди, спасшиеся от депортации или ареста, спонтанно организовывались в вооруженные группы, прятались в лесах и ждали широкого восстания. Организацию и руководство литовцами осуществлял Литовский фронт активистов (ЛФА), созданный за границей еще в 1940 году.
Командиры и красноармейцы Литовского стрелкового территориального корпуса. г. Вильнюс, весна 1941 г.
29-й Литовский корпус в бою.
22 июня 1941 года после нападения нацистской Германии на СССР сторонники независимости Литвы подняли вооружённое восстание против советской власти. В 29-м Литовском территориальном стрелковом корпусе РККА начались убийства командиров (не литовцев) и массовое дезертирство: из 16 000 с частями Красной Армии отступили только 2000 человек. Повстанцы общей численностью около 100 тысяч человек брали под контроль стратегически важные объекты и целые города, нападали на отступающие подразделения Красной Армии и убивали советских активистов.
Литовцы встречают немцев.
Восстание в Каунасе началось ранним утром 22 июня, где были сосредоточены основные силы ЛВС. К вечеру литовцы контролировали Президентский дворец, почту, телефон и телеграф, радиостанции и радиотелефон. Утром 23 июня Леонас Прапуоленис зачитал декларацию независимости Литвы и список членов Временного правительства. Утром 23 июня повстанцы совершили налет на советские оружейные склады в Шанчяй, Панемуне и Вилиямполе. Вооружившись, повстанцы захватили мост через реку Нерис, чтобы помочь немцам беспрепятственно вошли в город. Повстанцы пытались помешать красноармейцам переправиться через Неман. В ходе боев было убито около 100 повстанцев, 100 советских военнослужащих. Повстанцы в спешке организовали собственную полицию и освободили около 2000 политических заключенных. 24 июня 1941 года танковые части Красной Армии в Йонаве получили приказ отбить Каунас. Однако повстанцы по рации обратились к немцам с просьбой о помощи. Танки бомбили Люфтваффе, и они не достигли города. Это была первая скоординированная литовско-германская акция. 25 июня немцы вошли в Каунас, чуть-ли не парадным строем. 26 июня немецкому военному командованию было приказано расформировать и разоружить группы повстанцев. Двумя днями позже литовские охранники и патрули также были освобождены от своих обязанностей. По данным саморегистрации в июле, в Каунасе насчитывалось около 6000 повстанцев, спонтанно организованных в 26 групп. Самые большие группы насчитывали 200–250 человек. Общие литовские потери в Каунасе оцениваются в 200 убитых и 150 раненых.
Литовские повстанцы в Каунасе 25 июня 1941 г.
В Вильнюсе ЛВС была ликвидирована советскими арестами незадолго до войны, и литовцы составляли лишь незначительное меньшинство населения города. Таким образом, восстание было менее масштабным и началось 23 июня. Повстанцы захватили почту, радиостанцию и другие учреждения и водрузили литовский флаг над башней Гедиминаса. Взять под контроль Вильнюс было относительно легко, так как большая часть частей Красной Армии располагалась за его пределами и довольно быстро отступала. Первые немецкие части вошли в город 24 июня.
Советские военнопленные в сопровождении немецких солдат в Вильнюсе.
Восстание распространилось на другие города, поселки и села. Уровень активности повстанцев в Литве сильно различался. В большинстве районов повстанцы следовали образцу, установленному в Каунасе и Вильнюсе: брали под контроль местные учреждения, в первую очередь, полицию, и охраняли другие стратегические объекты. Повстанцы также арестовали советских активистов, освобождали политических заключенных и поднимали литовские флаги. Практически везде ощущалась нехватка оружия и боеприпасов; основным способом получения оружия было разоружение сдавшихся советских войск. Наиболее активные повстанцы были в районе Швенчёнис, Мажейкяй, Паневежис и Утена.
Члены Литовского фронта активистов 23 июня сформировали Временное правительство во главе с Юозасом Амбразявичусом. В Вильнюсе был сформирован самостоятельный Гражданский комитет Вильнюсского уезда и города во главе с профессором права Вильнюсского университета Стасисом Жакявичюсом. В ходе восстания члены ЛФА и сочувствующие им убивали не только советских активистов, но заподозренных в сочувствии к советской власти, также производили крупные еврейские погромы.
Заседание Временного правительства Литвы.
В течение недели немецкая армия взяла под свой контроль всю Литву. Многие литовцы приветствовали немцев как освободителей от советского режима, рассчитывая на восстановление независимости, или, по крайней мере, допустят некоторую степень автономии. Однако Германия вовсе не планировалa предоставлять Литве не только независимости, но даже какой-либо автономии. После занятия Вермахтом всей территории Литвы были сформированы оккупационные органы власти Литвы в рамках рейхскомиссариата Остланд. Временное правительство было распущено 5 августа 1941 года, а все изданные им нормативные акты отменены.
По данным исторических исследований после распада СССР было установлено, что повстанцы потеряли от 2 до 6 тысяч человек, в то время когда потери Красной Армии составили около 5 тысяч человек. Потери мирных жителей оцениваются в 600 человек.