Согласно данным переписи 1939 года в СССР насчитывалось 75 763 карачаевца, из которых 70 301 человек проживал в Карачаевской автономной области и составляли 46,8 % населения области. Область находилась в составе Орджоникидзевского края, переименованного 12 января 1943 года в Ставропольский. С началом Великой Отечественной войны, из области отправились на фронт 15 600 представителей народов, населявших её, еще 3000 человек были направлены в трудовые армии.
Карачаевская АО до 1943 года.
Перед летним наступлением в 1942 году немецких войск на Кавказ, разведка противника начала забрасывать своих агентов в Карачай, наводила контакты с подпольными повстанческими группами, которые активизировались в конце 1930-х годов. Несмотря на то, что только за первую половину 1942 года сотрудниками НКВД «была выявлена 21 банда со 135 участниками», в крае действовало несколько групп, возглавляемых людьми, окончивших немецкие разведшколы. Одновременно с немецким наступлением они нападали на отдельные части отступавшей Красной Армии. В середине августа 1942 года на территорию области вступили немецкие войска, установив свои порядки, в том числе и индивидуальное землепользование. Были сформированы местные администрации, вспомогательная полиция, добровольные националистические организации, а также антипартизанские отряды из местных жителей.
В январе 1943 года Карачаевская область была освобождена от немецких войск, что привело к возобновлению борьбы с антисоветскими повстанцами. Повстанцы Черекского района КБ АССР и Учкуланского района КАО организовали в январе открытое выступление против советской власти за сохранение установленного немцами «Нового порядка». В нем принимало участие около 400 человек. Им оказывали помощь агенты-парашютисты, забрасываемые разведывательными органами немцев, при активном участии бежавшего из области «Карачаевского национального комитета». При проведении военных операций за время с 10 по 25 февраля 1943 года оказавшими сопротивление повстанцами Учкуланского района было убито 115 солдат и офицеров Красной Армии и сотрудников госбезопасности. Попытка одного из истребительных батальонов НКВД наступать 9-10 февраля 3 группами на Джазлык, «Лесопункт» и Карт-Джурт закончилась потерей 36 военнослужащих. К ликвидации восстания были привлечены около 2 тысяч военнослужащих внутренних войск и сотрудников милиции. Было убито 60 повстанцев.
Чекистско-войсковая операция была проведена также в период с 7 по 19 апреля в верховьях реки Малка для ликвидации так называемой «Балыкской армии», которая, насчитывала по разным данным 200-500 человек. Погибло 59 повстанцев, захвачено около семидесяти. Потери советской стороны составили убитыми 18 бойцов. С января по 10 октября только в Карачаевской области было проведено 37 операций, убито 99 и ранено 14 антисоветских повстанцев, 380 попало в плен. В боях с ними погибло 60 сотрудников НКВД, 55 ранено.
Для ослабления сопротивления советской власти 15 апреля 1943 года вышла директива НКВД СССР и Прокуратуры СССР № 52-6927, по которой были определены к выселению «573 члена семей главарей повстанцев». Однако в связи с тем, что «67 бандглаварей обратились с повинной в советские органы власти, численность семей подлежащих депортации, была сокращена до 110 (472 человека)». 9 августа 1943 года они были выселены за пределы Карачаевской автономной области.
В дальнейшем, Указом ПВС СССР № 115/13 от 12 октября 1943 года «О ликвидации Карачаевской автономной области и об административном устройстве её территории», было постановлено всех карачаевцев проживающих на территории области, переселить в другие районы СССР, а Карачаевскую автономную область ликвидировать. Совету народных комиссаров СССР поручалось наделить карачаевцев в новых местах поселения землей и оказать им необходимую государственную помощь по хозяйственному устройству на месте. Территория бывшей Карачаевской АО была впоследствии разделена между соседними субъектами и предполагалась к заселению «проверенными категориями трудящихся». Микоян-Шахар был переименован в город Клухори.
В тексте Указа утверждалось, что «многие карачаевцы вели себя предательски», а также «вступали в организованные немцами отряды для борьбы с советской властью». Были обвинения в выдаче немцам советских граждан, службе у немцев проводниками на перевалах, а после установления советской власти карачаевцы «…противодействуют проводимым советской властью мероприятиям, скрывают от органов власти бандитов и заброшенных немцами агентов, оказывая им активную помощь».
По данным НКВД СССР 62 842 карачаевца на основании Указа №115-13 и постановления СНК СССР №1118-342сс от 14 октября 1943 года, должны были быть переселены в Казахскую и Киргизскую ССР.
Депортированные на железнодорожной станции.
Депортация карачаевцев глазами художника.
Ночью 2 ноября, к двум часам, войска НКВД оцепили аулы, блокировали выездные пути, выставили засады. С четырех часов утра сотрудники госбезопасности и милиции начали также и аресты. В первые дни выселения были арестованы более 1000 человек. Были установлены минимальные сроки (3-6 часов) для выселения каждого карачаевского населённого пункта. Во время проведения арестов имели место случаи сопротивления. Депортация продлилась до 5 ноября 1943 года. Для силового обеспечения депортации населения, были задействованы войсковые соединения численностью в 53 327 человек. Всего было отправлено 34 эшелона, в каждом по 2000-2100 человек, вагонов в каждом эшелоне было около 58, последние 3 состава вышли 5 ноября и 19 ноября были ещё в пути.
Первые эшелоны прибыли к 10 ноября и с 11 по 22 ноября осуществлялся прием спецпереселенцев. К декабрю 1943 года в Джамбульской и Южно-Казахстанской областях Казахской ССР и во Фрунзенской области Киргизской ССР было расселено 15 987 семейств — 68 614 человек из бывшей Карачаевской АО, в том числе мужчин — 12 500, женщин — 19 444 и детей — 36 670. Кроме депортации основной части населения, имелись факты «довыявления» избежавших депортации карачаевцев как в области, так и в других районах Кавказа.
Также в Среднюю Азию, на основании приказа ГКО № 0741 от 3 марта 1944 года, были депортированы впоследствии военнослужащие карачаевской национальности. Численность спецпереселенцев, ранее служивших в Красной Армии, на май 1949 года составляла 2543 человек, из них офицеры — 238, сержанты — 495, солдаты — 1810 человек. Те карачаевцы, которые по каким-то причинам остались в войсках, должны были, согласно Директиве народного комиссара внутренних дел № 140 от 22 августа 1945 года, направляться к месту расселения их семей или родственников. В пункте 1-м этой директивы было указано, что въезд на территорию бывшей Карачаевской области им воспрещен.
Депортированные в Казахстане.
Депортированные в Казахстане глазами художника.
Для контроля за переселенцами в Казахской ССР было создано 488 спецкомендатур, в Киргизской — 96, которые кроме надзора за переселенцами занимались и предотвращением побегов. Все трудоспособные спецпереселенцы были обязаны заниматься «общественно-полезным трудом» в сельском хозяйстве, на промышленных предприятиях, стройках, в хозяйственно-кооперативных организациях и учреждениях. Спецпереселенцы не имели права без разрешения коменданта спецкомендатуры НКВД отлучаться за пределы района поселения. За нарушение режима и общественного порядка в местах расселения спецпереселенцы подвергались штрафу в размере до 100 рублей, или аресту до 5 суток.
В конце 1948 года на учёте состояло 15 425 семей карачаевцев численностью 56 869 человек. По состоянию на 1 января 1954 года их численность возросла до 64 тысяч человек. В 1954 году министром внутренних дел СССР было приказано снять с учёта органов МВД детей спецпоселенцев всех категорий, родившихся после 31 декабря 1937 года и более детей на учёт спецпоселений не брать. Детям старше 16 лет для поступления в учебные заведения разрешался выезд в любой пункт страны, а зачисленных в учебные заведения приказывалось снимать с учёта.
Согласно Указу Президиума Верховного Совета СССР от 16 июля 1956 года «О снятии ограничений по спецпоселению с чеченцев, ингушей, карачаевцев и членов их семей, выселенных в период Великой Отечественной войны» ограничения с карачаевского народа были сняты. Указом Президиума Верховного Совета СССР от 9 января 1957 года национальная автономия была восстановлена в ином виде. Черкесская АО была преобразована в Карачаево-Черкесскую автономную область в составе Ставропольского края РСФСР. Первые эшелоны с карачаевцами прибыли на родину 3 мая 1957 года, и этот день считается «Днем возрождения карачаевского народа». Согласно Всесоюзной переписи 1959 года, численность карачаевцев в СССР составила 81 403 человека. 14 ноября 1989 года принята Декларация Верховного Совета СССР «О признании незаконными и преступными репрессивных актов против народов, подвергшихся насильственному переселению, и обеспечении их прав».. А Закон РСФСР от 26 апреля 1991 года № 1107-1 «О реабилитации репрессированных народов» осудил репрессии против народов СССР, «которые подвергались геноциду и клеветническим нападкам».