11 октября 1939 года Лаврентий Берия подписал приказ НКВД СССР №001223 «О введении единой системы оперативного учета антисоветских элементов, выявляемых агентурной разработкой». Целью приказа была централизация и унификация агентурной работы для выявления агентурной разработкой и учёта антисоветских элементов, поскольку эта работа не была организована должным образом, что давало возможность потенциальному противнику получать через своих агентов доступ к секретам государства, на особо охраняемые объекты и т. п. Требовалось также организовать централизованное хранение агентурных архивов и их сортировку для разработки актуальных дел.
Лаврентий Берия.
В приказе подчёркивалось, что полный оперативный учёт антисоветских элементов, выявляемых агентурой, помогает планировать развитие агентурно-осведомительной сети для своевременного выявления и ликвидации контрреволюционных формирований. Включение в списки состоящих на учёте лиц не означало, что в отношении них планируются какие-либо репрессивные меры. По приказу надлежало в кратчайший срок организовать учёт антисоветских элементов («все те лица, которые в силу своего социального и политического прошлого, национально-шовинистических настроений, религиозных убеждений, моральной и политической неустойчивости, являются враждебными социалистическому строю и поэтому могут быть использованы иностранными разведками и контрреволюционными центрами в антисоветских целях»). В список «элементов» входили:
1) все бывшие члены антисоветских политических партий, организаций и групп: троцкисты, правые, эсеры, меньшевики, анархисты и т. п.;
2) все бывшие члены национал-шовинистических антисоветских партий, организаций и групп (украинских, белорусских, грузинских, армянских, тюрко-татарских, финно-карельских и других);
3) лица, отбывающие наказания в тюрьмах, лагерях и ссылках за контрреволюционные преступления;
4) члены семей лиц, осуждённых к ВМН и к лишению свободы на длительные сроки (свыше 10 лет) за контрреволюционные преступления (на учёт берутся только прямые иждивенцы, достигшие 16 лет и имеющие от роду не больше 60 лет; муж, жена, отец, мать, сын, дочь, иногда — сестра, брат);
5) бывшие участники контрреволюционных восстаний и организаций;
6) бывшие жандармы, полицейские и тюремщики;
7) бывшие офицеры (царские, белые, петлюровские и др.);
8) бывшие политбандиты и добровольцы белой и др. антисоветских армий.
9) лица, исключенные из ВКП(б) и ВЛКСМ за антипартийные проступки;
10) по иностранным колониям: проявляющие националистические настроения — поляки, немцы, японцы, китайцы, корейцы, итальянцы, латыши, финны, чехи, румыны, греки и т. д.;
11) все перебежчики, политэмигранты, реэмигранты, репатрианты и контрабандисты;
12) все иноподданные, представители инофирм, сотрудники инодипучреждений, бывшие иноподданные, советские граждане, служащие и служившие в инопредставительствах, инофирмах, концессиях и акционерных обществах;
13) лица, имеющие личные и письменные связи с заграницей, инопосольствами и консульствами, эсперантисты и филателисты;
14) лица, въехавшие в СССР в массовом порядке и которые могут рассматриваться как база для работы иноразведок (харбинцы, монголеры и др.);
15) по религиозным общинам — церковники, сектанты и религиозный актив;
16) члены тайных мистических обществ и кружков, масоны, теософы, богословы и т. п.;
17) все бывшие кулаки;
18) «бывшие люди»: бывшая царская и белогвардейская администрация, бывшие дворяне, помещики, купцы, торговцы, применяющие наёмный труд), владельцы предприятий и другие.
Первый лист Приказа НКВД СССР №001223.
К приказу была выдана Инструкция о постановке оперативного учета антисоветских элементов, выявляемых агентурной разработкой.
По мнению исследователей, приказ использовался против граждан Литвы, Латвии и Эстонии после их присоединения к СССР. Однако в нем ни о каких репрессиях в отношении выявленных антисоветских элементов не говорилось. Документ действительно способствовал организации работы по противодействию иностранному шпионажу и разведкам. Приказ появился в открытой печати лишь в 2012 году.