Согласно заключённым в августе 1939 года советско-германского соглашения Латвия, Эстония и Литва попадали в сферу интересов СССР. Мемельский край в это время уже вернулся в состав Германии. Немецкое население Эстонии порождало проблемы для обеих сторон: советское руководство расценивало его как «пятую колонну» после запланированного присоединения Прибалтики к СССР, а нацистская доктрина требовала воссоединения фольксдойче в рамках единого германского рейха.
28 сентября 1939 года был подписан Договор о дружбе и границе между СССР и Германией и дополнительный протокол к нему, согласно которому советское правительство обязалось «не препятствовать немецким гражданам и другим лицам германского происхождения, проживающим в сферах его интересов, если они будут иметь желание переселиться в Германию или в сферы германских интересов».
Впервые вопрос о возможной репатриации прибалтийских немцев был затронут 6 октября 1939 года в речи Адольфа Гитлера перед германским рейхстагом. Тогда фюрер отметил, что акция будет проводится для того, чтобы переселить в Третий Рейх немцев, которые «разбросаны по всему миру». Уже на следующий день 7 октября 1939 года прогерманская общественная организация «Немецкое народное объединение» опубликовала воззвание к соплеменникам, в котором призвало остзейское население содействовать заселению новоприобретённой германским рейхом восточной площади, имея в виду освоение земель Западной Польши, захваченной в результате военного вторжения вермахта 1 сентября 1939 года. Публично эту мысль озвучил глава объединения Адольф Интельманн.
«Baltenlager» — пересыльный лагерь для балтийских немцев, Позен.
Переселенцы направляются в Восточную Пруссию.
15 октября 1939 года был подписан Протокол между Эстонией и Германией о переселении немецкой этнической группы в пределы Германского рейха. В протоколе были установлены главные процедуры репатриации немцев и ликвидации их собственности. Основная часть немецких переселенцев из Эстонии была эвакуирована пароходами с 18 октября по 15 ноября 1939 года. По официальным данным в этот период пределы страны покинули 11 760 немцев-бывших граждан Эстонии. Эта цифра не учитывает ещё примерно 900 резидентов страны, имевших германское или другое гражданство. Ещё несколько сотен немцев покинули Эстонию весной 1940 года, и, по официальным германским данным, общее количество репатриантов составило 12 900 человек. К середине 1940 года около 3500 немцев еще оставалось в Эстонии.
Переселенцев немцы размещали преимущественно в гау Вартеланд и Данциг-Западная Пруссия, аннексированных у Польши нацистской Германией. Земли и дома, которые получали вновь прибывшие фольксдойче были незадолго до того экспроприированы у поляков, депортированных в пределы Генерал-губернаторства, а также у евреев, отправленных в лагеря и гетто. По прибытии на место назначения репатрианты подвергались проверке, и их делили на четыре категории, используя расовые и политические критерии. В результате лишь менее 10% переселенцев получили право жить в старой части Рейха, а большинство было размещено в Вартегау.