3 мая 1946 года начался Токийский процесс, в ходе которого было проведено 818 открытых судебных заседаний и 131 заседание в судейской комнате. Трибунал принял 4356 документальных доказательств и 1194 свидетельских показания, из которых 419 были заслушаны непосредственно трибуналом. 28 японским военным и политическим лидерам были предъявлены обвинения по пятидесяти пяти пунктам обвинения. В ходе разбирательства суд подтвердил 45 пунктов обвинения.
Зал заседания Трибунала.
Трибунал потратил 15 месяцев на вынесение приговора и заключения на 1781 странице. Оглашение приговора длилось с 4 по 12 декабря 1948 года, когда трибунал и завершил свою работу. Вердикт и приговоры трибунала были утверждены Макартуром 24 ноября 1948 года, через два дня после формальной встречи с членами Союзной контрольной комиссии по Японии, которые действовали как местные представители стран Дальневосточной комиссии.
Семеро обвиняемых, включая двух бывших премьер-министров Коки Хирота и Хидэки Тодзио, были приговорены к смертной казни через повешение и казнены 23 декабря 1948 года во дворе тюрьмы Сугамо в Токио. 15 обвиняемых были приговорены к пожизненному заключению, ещё трое — к разным срокам заключения. Двое обвиняемых умерли во время процесса, пропагандист Сюмэй Окаваодин признан невменяемым в связи с психическим заболеванием, бывший премьер-министр Фумимаро Коноэ покончил жизнь самоубийством накануне ареста.
Более 5700 сотрудников более низкого ранга были обвинены в обычных военных преступлениях в отдельных судебных процессах, созванных Австралией, Китаем, Францией, Нидерландской Индией, Филиппинами, Соединенным Королевством и Соединенными Штатами. Обвинения охватывало широкий спектр преступлений, включая жестокое обращение с заключенными, изнасилование, сексуальное рабство, пытки, жестокое обращение с рабочими, казнь без суда и бесчеловечные медицинские эксперименты. Процессы проходили примерно в пятидесяти местах в Азиатско-Тихоокеанском регионе. Большинство их было завершено к 1949 году, но Австралия провела несколько процессов в 1951 году. Китай провел 13 судов, в результате чего из 504 обвинений, 149 были признаны виновными.
Из 5700 японцев, обвиненных в военных преступлениях класса B, 984 были приговорены к смертной казни; 475 человек приговорены к пожизненному заключению; 2944 были приговорены к более ограниченным тюремным срокам; 1 018 человек были оправданы; 279 человек так и не предстали перед судом или не были осуждены. Количество приговоров по странам следующее: Нидерланды — 236, Соединенное Королевство — 223, Австралия — 153, Китай — 149, Соединенные Штаты — 140, Франция — 26 и Филиппины -17.
Советский Союз и коммунистические силы Китая также провели суды над японскими военными преступниками. На судебном процессе по военным преступлениям в Хабаровске, проводившемся Советским Союзом, были признаны виновными некоторые члены японского подразделения бактериологической и химической войны, также известного как подразделение «731». Однако сдавшиеся американцам так и не предстали перед судом. Как Верховный Командующий союзных держав, Макартур дал иммунитет Сиро Исии и всем членам бактериологических исследовательских подразделений в обмен за данные о результатах испытания бактериологического оружия на людях.
Казнь Хидэки Тодзё в тюрьме Сугамо. 23 декабря 1948 г.
Японский император Хирохито и члены императорской семьи (принц Ясухико Асака, принц Фусими Хироясу, принц Хигашикуни и принц Такеда) получили иммунитет от преследования, который оправдывали следующим образом: «Администрация Трумэна и генерал Макартур считали, что оккупационные реформы будут проведены гладко, если они используют Хирохито для узаконивания своих изменений». Еще 26 ноября 1945 года Макартур подтвердил адмиралу Мицумаса Йонаи, что в отречении императора нет необходимости. В процессе работы трибунала американские судебные чиновники работали «за кулисами суда» чтобы изъять все материалы, которые могли быть причастны к обвинению императора как военного преступника.
4 сентября 1952 года президент Трумэн издал Указ №10393 о создании Совета по помилованию и условно-досрочному освобождению для военных преступников. Согласно его положений 26 мая 1954 года была проведена амнистию для заключенных военных преступников, которая сократила период, необходимый для получения права на условно-досрочное освобождение, с 15 до 10 лет. К концу 1958 года все японские военные преступники были освобождены из тюрем и политически реабилитированы.
Таким образом, японские военные преступники отсидели в тюрьме меньше чем по году, за каждый год развязанной ими войны. Двое из них вернулись к политической деятельности и занимали высокие посты в японском правительстве. Мамору Сигэмицу стал министром иностранных дел и первым представителем Японии в ООН. Приговорённый к пожизненному заключению Окинори Кая в 1963 году был министром юстиции, а ушёл из политики только в 1972 году.
См. также: Фото | Япония. Токийский процесс