В начале сентября 1944 года войска Вермахта заняли Старый город и немецкое командование снова предложило Армии Крайовой начать переговоры о сдаче на довольно выгодных для них условиях. 7 сентября польское эмиграционное правительство дало санкцию Тадеушу Бур-Коморовскому на прекращение борьбы и капитуляцию. В этот же день специальная делегация Польского Красного Креста во главе с заместителем председателя правления графиней Марией Тарновской направилась на переговоры в немецкий штаб. Однако на затягивание переговоров повлияли успешные действия советских войск на восточном берегу Вислы, а также радиограмма от С. Миколайчика с сообщением о решении советского правительства дать согласие Великобритании на совместные действия по оказанию помощи Варшаве, на челночные полёты американских самолётов на аэродромы в СССР.
24 сентября 1944 года германские войска перешли в решающее наступление на районы, занятые повстанцами. Район Мокотув капитулировал 27 сентября. Часть бойцов районa Мокотув во главе с командиром подполковником В. Рокицким через подземные каналы ушла в район центр города. 30 сентября сдался район Жолибож.
Бур-Коморовский и фон Бах во время капитуляции.
29 сентября немецкие подразделения в районе Кампинос вступили в последний бой с партизанскими отрядами. Под давлением Великобритании 30 сентября 1944 года был отстранён от должности главнокомандующий АК генерал Казимеж Соснковский. Новым командующим был назначен Тадеуш Бур-Коморовский, который 1 октября приказал повстанцам прекратить огонь. 3 октября 1944 года Бур-Коморовский подписал акт капитуляции. Сдавшимся участникам восстания из АК был гарантирован статус военнопленных. В этот же день радио АК «Błyskawica» передавало: «Немцы собираются эвакуировать население героического города и защитить его от нападения большевиков… Помните, что немецкие войска некоторое время будут щитом, охраняющим наши семьи от нападения большевиков».
Капитуляция повстанцев в Варшаве.
Депортация гражданского населения Варшавы.
4 октября повстанцы колоннами начали покидать Варшаву. Результаты восстания оказались плачевны. В плен попало около 17 тысяч повстанцев, в том числе 922 офицера и 6 генералов. За 63 дня восстания погибли 10 тысяч повстанцев АК, 7 тысяч пропали без вести. Уцелевшие жители Варшавы были депортированы из города: большинство жителей было направлено в лагеря в Прушкуве и Урсусе, часть — в концлагеря, часть — на принудительные работы в Германию. Точное количество жертв восстания остаётся неизвестным. По приблизительным оценкам, в карательных кампаниях было убито от 100 до 130 тысяч человек мирного населения. В левобережной Варшаве осталось лишь 22 тысячи горожан. В ходе капитуляции повстанцы и солдаты 1-й армии Войска Польского по неполным данным сдали немцам оружие в количестве 5 противотанковых орудий, 57 миномётов, 54 противотанковых ружей, 23 станковых и 151 ручной пулемёт, 878 автоматов, 1696 винтовок, около 1 тыс. пистолетов и револьверов, значительное количество боеприпасов. Потери немцев за время Варшавского восстания составили 9044 человек, в том числе 1570 убитыми, из них 73 офицера и 44 казака. Потери солдат Люфтваффе составили 181 убитых и 573 раненых.
Варшавское восстание 1944 года не достигло ни военных, ни политических целей, но в то же время стало для поляков символом мужества и решительности в борьбе за независимость. Для эмигрантского правительства и его подпольных структур в Польше Варшавское восстание стало не только военным поражением, но и огромной политической катастрофой. Оно не усилило позицию Миколайчика на переговорах со Сталиным, а ослабило её. Попытка эмигрантского правительства и руководства АК совместить борьбу варшавских повстанцев против гитлеровских оккупантов с противостоянием СССР и демонстрацией Москве силы к сопротивлению была нереальной, многих поляков возмутила бессмысленность данных действий.
В историографии СССР и Польской народной республики восстание рассматривалась как плохо подготовленная авантюра. Вся ответственность за провал восстания возлагалась на эмигрантское правительство и командование Армии Крайовой, стремившиеся упредить освобождение Варшавы советскими войсками и первым захватить власть. Западные историки обычно обвиняют советское командование в умышленном уклонении от помощи полякам.
См. также: Фото | Польша. Варшава во время войны