24 июля 1944 года Берия с письмом №7896 обратился к И. Сталину. Он писал: «На протяжении ряда лет значительная часть этого населения, связанная с жителями приграничных районов Турции родственными связями, отношениями, проявляет эмиграционные настроения, занимается контрабандой и служит для турецких разведывательных органов источником вербовки шпионских элементов и насаждения бандитских групп. НКВД СССР считает целесообразным переселить из Ахалцихского, Ахалкалакского, Адигенского, Аспиндзского, Богдановского районов, некоторых сельсоветов Аджарской АССР — 16 700 хозяйств турок, курдов, хемшинов».
31 июля Государственный Комитет Обороны принял постановление №6279 под грифом «совершенно секретно» о выселении из Грузинской ССР в Казахскую, Киргизскую и Узбекскую ССР 45 516 турок-месхетинцев. Всей операцией руководили А. Кобулов и грузинские наркомы госбезопасности Рапава и внутренних дел Каранадзе, а для её осуществления выделялось 4 тысячи оперативных сотрудников НКВД. Несмотря на установленное в правительственном документе число переселенцев, фактически было выселено 115,5 тысяч человек. Депортированные месхетинские турки были рассредоточены по отдельным посёлкам в различных областях Узбекистана, Казахстана и Киргизии как «спецпоселенцы», т.е. без права изменения места жительства. В период переселения и в первые годы жизни на новых необжитых местах погибло около 30 тысяч человек.
Погрузка депортированных в вагоны.
18 апреля 1956 года вышел Указ Президиума Верховного Совета о снятии ограничений с месхетинских турок, но без права возвращения на родину. Часть из них стала возвращаться в различные районы Кавказа, в особенности в Кабардино-Балкарскую АССР. Стараниями республиканского аппарата ЦК КПСС было организовано размещение нескольких тысяч турок-месхетинцев в Саатлинском и Сабирабадском районах Азербайджанской ССР. Но большинство турок-месхетинцев остались в уже обжитых районах Средней Азии и Казахстана.
В результате роста этнического напряжения в июне 1989 года произошёл погром месхетинских турок в Ферганской долине Узбекистана. Это вызвало массовую эвакуацию турок-месхетинцев из Узбекистана в Россию, Казахстан и Азербайджан.