23 августа 1939 года был подписан Договор о ненападении между Германией и Советским Союзом (пакт Молотова-Риббентропа) и Секретный дополнительный протокол к нему с описанием «границы сфер интересов» сторон «в случае территориально-политического переустройства» Прибалтики и Польши. После начала войны в Европе 1 сентября 1939 года польская армия оказалась не способна противостоять агрессии Германии. Англия и Франция, заключившие с Польшей союзнические договоры, фактически бросили её на произвол судьбы.
1 сентября Варшаву покинул президент И. Мосцицкий, 5 сентября из Варшавы выехало правительство.
17 сентября 1939 года послу Польши в СССР была вручена нота, в которой указывалось, что «Польское государство и его правительство фактически перестали существовать», а части Киевского и Белорусского военных округов пересекли советско-польскую границу для «взятия под контроль территорий Западной Украины и Западной Белоруссии». 28 сентября 1939 года между СССР и Германией был заключен «Германо-Советский Договор о дружбе и границе между СССР и Германией», установивший границы между обоюдными государственными интересами сторон на территории бывшего Польского государства. Созданное во Франции в октябре 1939 года Правительство Польши в изгнании придерживалось тезиса о состоянии войны с СССР.
Глава польского правительства в изгнании В. Сикорский.
После нападения Германии на СССР, 23 июня 1941 года глава польского правительства в изгнании Владислав Сикорский выступил по радио с обращением к народу оккупированной Польши. В речи прозвучали слова, которые можно было расценить как предложения о сотрудничестве с СССР. 3 июля народный комиссариат иностранных дел направил послу СССР в Лондоне И. М. Майскому телеграмму, в которой Советское правительство выражало своё согласие начать переговоры о заключении с польским правительством в Лондоне соглашения о взаимопомощи. В телеграмме отмечалось, что СССР выступает за создание независимого польского государства в границах национальной Польши, включая некоторые города и области, недавно отошедшие к СССР, причём вопрос о характере государственного режима Польши Советское правительство считает внутренним делом самих поляков.
Переговоры происходили с 5 по 30 июля 1941 года в Лондоне при посредничестве Э.-Р. Идена, а в Москве — в ходе бесед наркома иностранных дел СССР Молотова с послом Великобритании Стаффордом Криппсом. Польская сторона, прежде всего, выдвинула проблему границ, которые, по её мнению, должны были соответствовать границам на 31 августа 1939 года. Советская же сторона предложила отложить рассмотрение вопроса о советско-польской границе до окончания войны, и пока сосредоточиться на создании польских вооруженных сил на территории СССР. Английское правительство оказало давление на кабинет Сикорского, поскольку не скрывало намерений наладить, по крайней мере, в тот период, сотрудничество с СССР в войне против Германии. 15 июля во время встречи в МИД министр иностранных дел Англии А. Иден прямо заявил Сикорскому и сопровождавшему его А. Залесскому: «Хотите, господа, или не хотите, а договор с Советским Союзом должен быть подписан».
Подписание произошло 30 июля 1941 года в здании МИД Великобритании в присутствии британского министра иностранных дел А. Идена и Черчилля. Со стороны СССР соглашение было подписано послом СССР в Лондоне Великобритании И. М. Майским.
Подписание соглашения. Слева направо, сидят: Сикорский, Иден, Черчилль и Майский. Лондон 30 июля 1941 г.
Согласно договору, Советское правительство признавало советско-германские договоры 1939 года утратившими силу в части территориальных изменений в Польше. СССР согласился на формирование на советской территории польской армии под польским командованием, в оперативном отношении подчинённой советскому Верховному Командованию. В приложении к соглашению указывалось, что Советское Правительство предоставляет амнистию всем польским военнопленным и содержащимся в заключении на советской территории польским гражданам. Польскому правительству не удалось добиться аннулирования советско-литовского соглашения о передаче Вильно.
Основными результатом этого соглашения стало формирование Армии Андерса и освобождение более 400 тысяч польских граждан, находящихся в СССР, из мест ссылки, депортации и заключения. Так, 12 августа 1941 года Президиум Верховного Совета СССР издал указ об амнистии. В этот же день Совнарком и ЦК ВКП(б) приняли обширное постановление «О порядке освобождения и направления польских граждан, амнистируемых согласно Указу Президиума Верховного Совета СССР». Оно предписывало освободить:
а) всех военнопленных и интернированных военнослужащих польской армии;
б) осуждённых к заключению в тюрьмы и исправительно-трудовые лагеря, а также находящихся под следствием;
в) направленных в спецпоселки из западных районов УССР и БССР осадников, лесников, членов семей ранее репрессированных лиц и спецпоселенцев других категорий.
Освобождённым польским гражданам разрешалось свободное проживание на территории СССР за исключением приграничных районов, режимных городов I и II категории, запретных зон, местностей, объявленных на военном положении. Постановление обязывало местные советские и партийные органы оказывать содействие освобождённым, в первую очередь женщинам с детьми, в их устройстве на работу и предоставлении им жилплощади. Устанавливались и пункты формирования польских военных частей первой очереди.
В тех областях, где имелось большое число польских граждан, стали открываться представительства польского посольства, организовываться склады одежды и продовольствия, поступавшего из США и Англии. На узловых станциях была создана польская информационная служба, которая направляла мужчин призывного возраста и добровольцев в места формирования воинских частей, предоставляла людям помощь. Посольство выдавало польские паспорта, организовывало культурные и религиозные мероприятия. На основе опросов всех освобождавшихся была составлена картотека польских граждан в СССР.
14 августа было разработано и подписано военное соглашение, которое предусматривало создание в кратчайший срок на территории СССР польской армии, составляющей «часть вооруженных сил суверенной Польской Республики», которой будут присягать на верность её военнослужащие. Армия предназначалась для совместной с войсками СССР и иных союзных держав борьбы против гитлеровской Германии и по окончании войны должна была вернуться в Польшу. Предполагалось отправить польские части на фронт только по достижении ими полной боевой готовности, которая так и не была ими достигнута до перемещения их в Иран в 1943 году.
В Тоцких лагерях, 6-я пехотная дивизия «Армии Андерса».
«Армия Андерса» перед убытием из СССР на помощь англичанам. 1942 г.
1 октября Берия сообщил Сталину и Молотову о том, что из 391 575 польских граждан, находившихся в местах заключения и в ссылке, к 27 сентября освобождены из тюрем и лагерей ГУЛАГа 50 295 человек, из лагерей военнопленных — 26 297 и, кроме того, 265 248 спецпоселенцев. На формирование «Армии Андерса» к этому времени были направлены 25 115 бывших военнопленных. Туда же прибыли и 16 647 освобождённых из тюрем, лагерей и спецпоселений; ещё 10 000 человек находились в пути.
25 апреля 1943 года СССР вновь разорвал дипломатические отношения с польским правительством в Лондоне, обвинив его в сотрудничестве с немцами, после того как польское правительство согласилось на расследование Международного Красного Креста на оккупированной немцами территории в отношении захоронений в Катынском лесу.