Ранним утром 22 июня после артиллерийско-бомбового огневого налёта советские войска на алитусском направлении были атакованы двумя танковыми дивизиями 39-го мотокорпуса и двумя пехотными дивизиями 5-го армейского корпуса. Советская 128-я стрелковая дивизия была рассечена и разгромлена, её командир генерал-майор А. С. Зотов попал в плен. Остатки дивизии разрозненными группами отступали за Неман и далее к Западной Двине. Немецкие пехотные дивизии остались сражаться с остатками советских войск на западном берегу Немана. Тем временем обе немецкие танковые дивизии 39-го мотокорпуса устремились к Алитусу, стремясь захватить оба имевшихся в этом районе моста. Город располагался на обоих берегах Немана в 105 км от Вильнюса и в 69 км от Каунаса.
Карта боевых действий в районе Алитус 22-24 июня 1941 г.
Около полудня 22 июня в районе Алитуса завязался бой боевых групп обеих танковых дивизий Вермахта и авангарда советской 5-й танковой дивизии. С немецкой стороны в нём участвовали 7-я и 20-я танковые дивизии (всего около 500 танков), с советской — 5-я танковая дивизия 11-й армии Северо-Западного фронта (268 танков и 76 бронеавтомобилей). Подавив авиацией и артиллерией советскую оборону, противнику удалось захватить оба моста и прорваться на восточный берег Немана. Подразделения НКВД, на которые была возложена задача охраны мостов, и сапёры подрывных команд ничего сделать не смогли. На восточном берегу Немана в бой вступили основные силы советской 5-й танковой дивизии, которые отбросили немецких танкистов к Алитусу. Бой в Алитусе продолжался до позднего вечера 22 июня. Утром 23 июня основные силы 5-й танковой дивизии оказались окружены на восточном берегу Немана двумя танковыми дивизиями 39-го мотокорпуса. Под давлением превосходящих сил противника около 8-9 часов утра советские танкисты, растратив почти все боеприпасы и горючее, начали отступление к Вильнюсу, сдерживая противника.
Поле боя после танкового сражения.
Потери сторон по разным данным весьма противоречивы. Немцы сообщили о 70 подбитых советских танках, советское командование о 16. Исследователи настаивают на 73 танках, в т.ч. 27 – новейших Т-34. Немцы безвозвратно потеряли 11 машин. Как ним странно, советские Т-34, которых немцы «накрошили» почти три десятка не вызвали у немцев ни страха, ни удивления, как утверждала советская пропаганда.
Немецкие танки входят в Вильнюс. Июнь 1941 г.
Поражение под Алитусом открыло путь немецким войскам на Вильнюс и далее в тыл советскому Западному фронту. Оттесненная от Алитуса 5-я танковая дивизия во второй половине дня 23 июня дала бой у южной и юго-западной окраин Вильнюса, в ходе которого снова понесла серьёзные потери. Её остатки отступили на юг, в Белоруссию, где 24 июня в районе Молодечно вошли в подчинение командования 13-й армии Западного фронта. В дивизии оставалось 15 танков, 20 бронемашин и 9 орудий. Окраины Вильнюса уже 23 июня были заняты немцами, а 24-го – весь город был полностью оккупирован. Литовский 29-й территориальный стрелковый корпус в боях с немецкими войсками практически не участвовал, а некоторые подразделения даже атаковали советские войска, чем способствовали быстрейшей сдаче Вильнюса. Из 18 тысяч бойцов и командиров на соединение с Красной Армией вышло не более 2 тысяч литовцев.