К началу Великой Отечественной войны в крепости располагались 8 стрелковых и один разведывательный батальон, 2 артиллерийских дивизиона — ПТО и ПВО, спецподразделения стрелковых полков, подразделения корпусных частей, подразделения 17-го Брестского пограничного отряда, 33-го отдельного инженерного полка, некоторые подразделения 132-го отдельного батальона конвойных войск НКВД, штабы дивизий и 28-го стрелкового корпуса. Всего на территории крепости находилось 9-11 тысяч человек, а также 300 семей военнослужащих. На вооружении гарнизон имел 42 орудия, 16 легких танков, 13 бронеавтомобилей.
По словам генерала Л. М. Сандалова, «дислокация советских войск в Западной Белоруссии вначале не была подчинена оперативным соображениям, а определялась наличием казарм и помещений, пригодных для размещения войск. Этим, в частности, объяснялось скученное расположение половины войск 4-й армии со всеми их складами неприкосновенных запасов на самой границе — в Бресте и Брестской крепости». Приказание о выводе из крепости частей 42-й стрелковой дивизии, отданное лично командующим 4-й армией РККА генерал-майором А. А. Коробковым начальнику штаба дивизии по телефону в период с 3 часов 30 минут до 3 часов 45 минут, до начала военных действий не успели выполнить.
45-я немецкая пехотная дивизия генерал-майор Фрица Шлипер — численностью до 17 000 воинов — имела задачу захватить крепость Брест. Для этого дивизии были приданы части усиления — мортирные дивизионы (126-тонные мортиры, снаряды которых были способны с расстояния четырех километров пробивать бетонные укрепления толщиной до трех метров) 31-й и 34-й пехотных дивизий 4-й немецкой армии. Общая численность дивизии составляла около 20 000 человек.
22 июня 1941 в 4:15 по московскому времени по крепости был открыт артиллерийский огонь. Погибло много военных и мирных людей, прямым попаданием были уничтожены склады, прервана связь, поврежден водопровод, начались пожары. Через 8 минут начался штурм. Гарнизон не смог организовать сплоченное сопротивление, и в скором времени был расчленен на несколько групп. Первыми приняли бой 9-пограничная застава, 3-я комендатура и 18-й отдельный пулеметно-артиллерийский полк, прикрывавших Тереспольское пограничное укрепление и форт «Граф Берг».
Диверсионное подразделение полка «Бранденбург» при поддержке саперов захватила железнодорожный мост через Буг, а также два моста, соединяющих Западный и Восточный острова с Цитаделью. К тому же времени два пехотных батальона уже высадились на эти острова, которые обороняли пограничники и батальон НКВД. К утру, немцы, преодолев Цитадель, вышли к Кобринским укреплениям. После прохождения основных частей, красноармейцы ударили в немецкие тылы, частично уничтожив наступавших. Однако, около 10:00 часов Брестская крепость была полностью окружена, линии фронта как таковой не было. Ближе к полудню немцы бросили в бой резерв — 133-й пехотный полк. Немецкие силы в Цитадели смогли частично закрепиться на отдельных участках — в том числе и в господствующем над крепостью здании клуба, столовой руководящего состава и в области казармы у Брестских ворот. Сильное сопротивление гарнизона было на Волынском и Кобринском укреплениях — на последнем доходило и до штыковых атак. Небольшая часть гарнизона с техникой сумела вырваться из окружения и соединилась с основными частями. В крепости осталось 6-8 тысяч красноармейцев.
Штурм Брестской крепости.
В ночь с 22 на 23 июня, около 5 утра, подняв орудия на внешние валы крепости, немецкая артиллерия начала обстрел, в промежутках через громкоговорители предлагая гарнизона сдаться — около 1900 солдат согласились на это. В первый день осады немецкая армия потеряла до 300 солдат убитыми и три трофейных танка. 23 июня гарнизон предпринял атаку и выбил немцев из прилегающей к Брестских ворот кольцевой казармы, две группы окруженных соединились. 24 июня они подготовили «Приказ №1» — создать сводную боевую единицу, установить численность защитников крепости. Штабом объединенной группы руководил капитан Зубачев, его заместителем был комиссар Фомин. Однако, немцы опередили эти планы и внезапной атакой заняли Цитадель. Несколько групп красноармейцев прорвались за главный вал, но там они были уничтожены или расстреляны подразделениями немецкой 45-й пехотной дивизии, которая занимала позиции на Брестском шоссе.
С Северного и Южного островов немцы начали психологическую атаку — из автомобилей с громкоговорителями защитников призывают сдаться, тогда же в расположении окруженных появляются немецкие переодетые солдаты-диверсанты. В 17:15 немецкими войсками объявлено о прекращении обстрела на полтора часа — для тех, кто решил сдаться. Такой возможностью воспользовались несколько сотен — в основном, женщины и дети из семей командного состава. Поздним вечером и ночью окруженцы несколькими группами снова пытаются вырваться из крепости, часть погибла, часть пленена, остальные снова заняли оборону.
Вечером 24 июня командование дивизии отправило в штаб корпуса сообщение о полном занятии крепости Брест — хотя боевые действия продолжались. Для полного подавления советских очагов сопротивления немцы сформировали группы из пехоты и саперов, использовали шестиствольные минометы Nebelwerfer 41, которые имели мощную взрывную волну, огнеметы и подрывные заряды.
26 июня немецкими саперами на Северном острове было подорвано стену здания школы политсостава, там в плен попало 450 советских бойцов; последним очагом сопротивления на острове оставался Восточный форт, где оборонялось около 400 бойцов во главе с майором Петром Гавриловым. Остатки защитников на Центральном острове 26 июня пытались прорваться из северных казарм Цитадели; потеряв половину состава, часть отряда вырвалась из Бреста, остальные, понеся большие потери, вынуждены вернуться к линии обороны. Вечером того же дня остатки этого отряда были окружены и почти полностью уничтожены.
28 июня имеющиеся у немцев в крепости 2 танка и несколько самоходных установок StuG III, обстреляли Восточный форт на Северном острове, без видимых последствий. Командир 45-й дивизии вызывает в поддержку силы Люфтваффе, из-за низкой облачности в тот день бомбардировки не проводили. 29 июня бомбардировщики разрушили Восточный форт. К вечеру в руинах было пленено 389 советских военных, но окончательно сопротивление форта было подавлено лишь 3 июля. Тем не менее, штаб немецкой 45-й дивизии снова докладывает о полном занятии Брестской крепости, что считается официальной датой окончания обороны крепости.
Красноармейцы Брестской крепости сдаются в плен.
К вечеру 30 июня немцами было занято большинство сооружений крепости и захвачено в плен еще 1250 советских бойцов. 1 июля в плен попадают последние 450 воинов, после подрыва отсеков кольцевой казармы «Дома офицеров».
6 июля немцы для окончательного подавления разрозненного сопротивления применяют артиллерийскую установку Karl-Gerät с 600-мм бетонобойными снарядами, что весили более 2 тонн, и фугасными 1250-килограммовыми снарядами. После этого в крепости остались лишь небольшие разрозненные группы и одиночные красноармейцы, которые продолжали сопротивляться, пытаясь таки прорваться в Беловежскую пущу. Только некоторым это удалось. Для устранения последних очагов сопротивления германское верховное командование отдало приказ затопить подвалы крепости водой из реки Западный Буг. По свидетельствам жителей Бреста, стрельба слышалась в крепости и в августе 1941 года.
В немецких военных архивах отмечается, что в Брестской крепости было обнаружено около 2000 погибших советских военных, взято в плен 7 122 человека, в т.ч. 101 офицер. Впоследствии в братской могиле на территории крепости был похоронен 850 ее защитник. 45-я немецкая пехотная дивизия потеряла убитыми 482 человека, ранеными более 1000.
Немецкие солдаты на развалинах Брестской крепости.
12 защитников Брестской крепости, попавшие в плен к немцам, после освобождения были осуждены по 58 статье и как спецкаторжане отбывали 25-летний срок заключения в Норильске, работая на 25 заводе. В 1953 году, когда массово стали пересматривать дела невинно осужденных граждан, им было объявлено, что их дела пересмотру не подлежат. Вместе с еще двумястами спецкаторжанами — видными генералами, адмиралами и политработниками — была написана петиция с просьбой о пересмотре дел, так как они себя в измене Родине виновными не признают. Дирекция лагеря распорядилась арестовать бунтарей, осмелившихся подписать петицию, но встретила сопротивление, завязалась «бой»: с одной стороны было пущено в ход огнестрельное оружие, с другой — кирпича с разобранных печей. Среди расстрелянных были 10 из 12-ти героев Брестской крепости. Два уцелевших героя были эпатированы в Магадан.
См. также: Фото | СССР. Брест в годы войны