К 1939 году в Крыму проживало около 319 тысяч крымских татар, что составляло 19% всего населения полуострова. 11 мая 1944 года, вскоре после полного освобождения Крыма от нацистской оккупации, И. В. Сталин подписал Постановление Государственного Комитета Обороны СССР №ГОКО-5859 от 11 мая 1944 года «О выселении всех крымских татар с территории Крыма». Обоснование депортации было подготовлено в докладной записке Лаврентия Берии. В частности, в ней утверждалось, что «значительная часть татарского населения Крыма активно сотрудничала с немецко-фашистскими оккупантами и вела борьбу против Советской власти. Из частей Красной Армии в 1941 году дезертировало свыше 20 тысяч татар, которые изменили Родине, перешли на службу к немцам и с оружием в руках боролись против Красной Армии». Заявлялось, что татарское население Крыма поддерживало деятельность созданных при содействии оккупационных властей «татарских национальных комитетов», которые содействовали оккупантам в организации татарских воинских формирований, карательных и полицейских отрядов для действия против частей Красной Армии и советских партизан, участвовали в организации угона в Германию свыше 50 тысяч советских граждан. По данным НКВД, в результате оперативных мероприятий после освобождения Крыма было арестовано свыше 5 тысяч «изменников Родины, пособников немецко-фашистских оккупантов и другого антисоветского элемента», у населения изъято более 6 тысяч единиц стрелкового оружия и миномётов. «Учитывая предательские действия крымских татар против советского народа и исходя из нежелательности дальнейшего проживания крымских татар на пограничной окраине Советского Союза», в докладной записке предлагалось выселить всех татар с территории Крыма. Возглавить операцию по депортации было поручено заместителям народных комиссаров госбезопасности и внутренних дел Б. З. Кобулову и И. А. Серову.
Погрузка депортированных в вагоны.
Операция по депортации началась рано утром 18 мая и закончилась 20 мая 1944 года. Для её проведения было задействовано более 32 тысяч войск НКВД. Депортируемым отводилось от нескольких минут до получаса на сборы, после чего их транспортировали к железнодорожным станциям. Оттуда эшелоны под конвоем отправлялись к местам ссылки. Согласно Постановлению ГКО № 5859-сс, крымским татарам разрешалось взять с собой «личные вещи, одежду, бытовой инвентарь, посуду и продовольствие» в размере 1/2 тонны на семью. На перевозку столь большого количества личных вещей и продуктов выделено 250 грузовиков. Если семья имела продуктов больше, чем на 1/2 тонны, то имелась возможность сдать по описи «зерно, овощи и другие виды сельхозпродукции», а также личный скот. Принимали это имущество по «обменным квитанциям», где оно оценивалось в денежном выражении по госрасценкам, затем по месту прибытия перемещённым семьям выдавалось такое же имущество или по таким же госрасценкам на данную сумму денег можно было получить «муки, крупы и овощей».
По официальным данным было выселено 193 тысячи человек, из которых в дороге к месту депортации умер 191 человек. По данным современных исследователей умерло не меньше 8 тысяч. Основная масса депортированных была направлена в Узбекистан – 151 тысяча, Марийскую АССР – 8,5 тысяч, Казахстан – 4,3 тысячи. Остальные были распределены «для использования на работах» в Молотовской, Кемеровской, Горьковской, Свердловской, Ивановской и Ярославской областях.
Крымские татары по прибытии в места депортации.
В Узбекистане многие переселенцы были определены на работу на строительство Фархадской ГЭС в городе Бекабаде, на рудники «Койташ» в Самаркандской области и «Ташкент-Сталинуголь», в колхозы и совхозы Ташкентской, Андижанской, Самаркандской области, Шахризябского, Китабского районов Кашкадарьинской области. В большинстве своем размещены они были в неприспособленных для жилья бараках, а на руднике «Койташ» вообще оказались под открытым небом. Во время масштабного голода в СССР 1946-1947 годов погибло около 16 тысяч крымских татар.
До 1956 года, крымские татары имели статус спецпереселенцев, подразумевавший различные ограничения в правах. Все спецпереселенцы были поставлены на учёт и были обязаны регистрироваться в комендатурах. Постановлением Совета Министров СССР от 21 ноября 1947 года и Указом Президиума Верховного Совета от 26 ноября 1948 года положение спецпереселенцев было ужесточено: переезд в другой район мог быть разрешён лишь при наличии «вызова» от близких родственников; за несанкционированный выход за пределы разрешённого места поселения угрожало наказание в виде пятидневного ареста, а повторное нарушение рассматривалось как побег с места ссылки и наказывалось 20 годами каторги. Указом от 13 июля 1954 года ответственность за самовольное покидание места ссылки была снижена до 1 года заключения. Формально за спецпереселенцами сохранялись гражданские права: они имели право участвовать в выборах, коммунисты влились в местные партийные организации.
Крымские татары в Узбекистане.
В 1967 году был принят указ Президиума Верховного Совета СССР «О гражданах татарской национальности, ранее проживавших в Крыму», который п.1 снял все санкции против крымских татар и даже дал осуждающую оценку предыдущих законодательных актов как «огульных обвинений … необоснованно отнесенных ко всему татарскому населению Крыма». Однако п.2 этого же Указа «привязал» крымских татар к месту прописки к вновь возведенным домам на выданным им земельным участкам преимущественно в Узбекской ССР. Поэтому крымские татары, несмотря на полноту прав как граждан СССР фактически не могли вернуться в Крым, так как не могли получить жильё и работу в Крыму.
В ноябре 1989 года Верховный Совет СССР признал депортацию крымских татар незаконной и преступной. Закон РСФСР от 26 апреля 1991 года № 1107-1 «О реабилитации репрессированных народов» признал депортации народов в СССР актом геноцида. Массовое возвращение крымских татар началось с постановления Совета Министров СССР от 11 июля 1990 года № 666. По нему крымские татары могли получить бесплатно земельные участки и строительные материалы в Крыму. При этом они могли также продать свои земельные участки и дома в Узбекистане. Порядка 150 тысяч крымских татар успели переехать в Крым ещё до распада СССР. Около 60 тысяч крымских татар осталось в Узбекистане и переселялось в Крым в индивидуальном порядке. Поскольку территории, где ранее проживали татары, были заселены, репатрианты селились на новых землях, в основном, на самозахваченных участках, принадлежащих другим физическим и юридическим лицам. Это создало как многочисленные конфликты с новыми собственниками, у которых таким образом изымалось имущество, так и очень серьёзную юридическую проблему легализации данных действий.