После самоубийства Адольфа Гитлера во время битвы за Берлин 30 апреля 1945 года, во главе правительства Германии стал гросс-адмирал Карл Денниц, которого в своём завещании Гитлер назначил преемником. Дёниц был назначен не фюрером, а рейхспрезидентом, должность которого Гитлер фактически упразднил в 1934 году после смерти Гинденбурга, объявив себя фюрером (одновременно рейхспрезидентом и рейхсканцлером). В состав правительства, которое называли «фленсбургским», поскольку город Фленсбург недалеко от границы с Данией был местопребыванием Дёница и его окружения, вошел министр пропаганды Йозеф Геббельс в должности рейхсканцлера и Мартин Борман — «министром партии». Граф Людвиг Швериг фон Крозиг стал премьер-министром — министром иностранных дел и министром финансов. Вильгельм Штуккарт стал министром внутренних дел и министром науки, воспитания и народного образования. Альберт Шпеер был назначен министром экономики и министр военной промышленности. Герберт Бакке стал министром продовольствия и сельского хозяйства. Альфред Йодль стал министром без портфеля, исполняющим обязанности начальника Верховного командования вермахта (ОКВ) и начальника Генерального штаба сухопутных войск. Во главе родов войск встали: сухопутные войска — генерал-фельдмаршал Фердинанд Шёрнер; военно-воздушные силы (Люфтваффе) — генерал-фельдмаршал Роберт Риттер фон Грейм; военно-морские силы (Кригсмарине) — генерал-адмирал Ганс-Георг фон Фридебург. Карл Дёниц также выполнял обязанности военного министра.
Дёниц на встрече с Гитлером в фюрербункере. 1945 г.
1 мая 1945 года Дёниц узнал о самоубийстве Гитлера и своем назначении рейхспрезидентом. В тот же день совершил самоубийство Геббельс, а Борман, как сообщалось, сбежал из фюрербункера. В ночь с 1 на 2 мая 1945 года Дёниц выступил со своим первым радиообращением к нации, в котором сообщил о «героической смерти» Гитлера и о том, что война будет продолжаться «во имя спасения Германии от разрушения наступающими большевиками». Однако ещё до своего вступления в должность он понимал, что Германия стоит на грани краха, и Вермахт уже не может оказывать реальное сопротивление. В период своего короткого правления большую часть усилий он приложил к тому, чтобы заключить сепаратный мир с западными союзниками, чтобы вытеснить Красную Армию из Германии.
Правительство Шверина фон Крозига провело своё первое совещание в Мюрвике рядом с Фленсбургом 5 мая 1945 года. В тот же день Дёниц послал адмирала Ганса-Георга фон Фридебурга, своего преемника на посту главнокомандующего ВМС Германии, к генералу армии США Дуайту Эйзенхауэру в его штаб-квартиру в Реймсе, чтобы начать переговоры о капитуляции Германии перед западными Союзниками. Чуть позже, к нему присоединился генерал-полковник Альфред Йодль. Дёниц приказал затягивать переговоры как можно дольше, чтобы германские войска и беженцы могли сдаться именно западным державам. Однако Эйзенхауэр заявил, что не потерпит подобных происков, и угрожал закрыть фронт, что означало бы, что германские солдаты, попытавшиеся пересечь его линию, будут убиты, а остальным придётся сдаваться советским войскам. Когда Дёниц узнал об этом, он уполномочил Йодля подписать акт о безоговорочной капитуляции в 01:30 утра 7 мая 1945 года. Затем фельдмаршал Вильгельм Кейтель представляя Дёница в Берлине, подписал еще один акт о капитуляции 8 мая 1945 года.
8 мая 1945 года правительство Денница реально контролировало только Фленсбург и окрестные территории. Министр вооружений Альберт Шпеер посчитал, что после капитуляции Германии «фленсбургское правительство» должно самораспуститься. Однако Дёниц и другие министры решили продолжить его существование в надежде стать временным правительством послевоенной Германии. 20 мая советское правительство ясно дало понять, что оно думает о «фленсбургском правительстве», обрушившись на администрацию Дёница, называя его «бандой Дёница» и подвергнув резкой критике любые идеи о том, чтобы признать за ним какую-либо юридическую силу. 23 мая 1945 года британский офицер связи отправился в штаб-квартиру Дёница во Фленсбурге и попросил дать ему поговорить со всеми членами правительства. Затем он зачитал им приказ генерала Эйзенхауэра о роспуске Фленсбургского правительства и аресте всех его членов.
Три члена Фленсбургского правительства: Альфред Йодль, Альберт Шпеер и Карл Дёниц после их ареста союзниками.
Вакуум власти, возникший после ареста «фленсбургского правительства», был устранён 5 июня 1945 года, когда представители союзных держав подписали Декларацию о поражении Германии и учреждении на её территории верховной власти администраций союзников. Таким образом, хотя после 5 июня 1945 года Германия продолжила существовать как единая нация, она была поставлена под полный контроль Союзного Военного Оккупационного Правительства. На начальном этапе оккупации Германии власть осуществлялась всеми четырьмя державами во всех оккупационных зонах через союзный Контрольный совет, который можно считать непосредственным преемником администрации Дёница как правительства Германии.