После падения Нанкина ВВС Императорского флота Японии нанесли дальние упреждающие удары с недавно захваченных авиабаз в Нанкине по целям в Наньчане, включая основную базу китайских ВВС в Цинъюньпу. Несмотря на тяжелые потери многих лучших пилотов-ветеранов китайских ВВС, и большей части техники в ходе битвы за Шанхай, битвы за Тайюань и битвы за Нанкин, китайские ВВС были возрождены благодаря Китайско-советскому пакту о ненападении, и китайские летчики вместе с Советской добровольческой группой были восстановлены. Пилоты продолжали оказывать сопротивление в воздухе над Наньчаном, в то время как японцы продолжали бомбить и ослаблять оборону там.
После захвата Уханя японцами, он стал базой 11-й армии Императорской японской армии, в бывшем расположении Пятой и Девятой военных зон Национально-революционной армии. Наньчан был железнодорожным узлом и западной конечной станцией железной дороги Чекян-Хунань, являясь главной линией снабжения между Третьей и Девятой зонами военных действий. Кроме того, именно расположение аэродромов угрожало судоходным путям вдоль реки Янцзы. Незадолго до начала кампании китайские войска собрали 200 тысяч человек из 52 дивизий под Наньчаном, но из-за материально-технического обеспечения реорганизация была в значительной степени неэффективной.
Еще в июле 1938 года японские войска пытались приблизиться к Наньчану во время штурма Уханя, но их продвижение было остановлено китайскими защитниками на реке Сюйшуй. К весне 1939 года японские войска накопили 120 тысяч человек личного состава, вооруженных 130 танками и танкетками, 200 орудиями. Их поддерживало 30 кораблей и 50 моторных лодок.
Карта боевых действий в битве у Наньчана.
20 марта 1939 года японские войска начали новое наступление на Наньчан. Под прикрытием массированного артиллерийского обстрела китайских укреплений на другом берегу реки Сюйшуй, японские саперы быстро установили мосты, что позволило японским танкам перебраться через реку, уничтожив при этом китайские войска. К 26 марта японские войска при поддержке танков прорвали плацдарм на реке Сюйшуй и достигли западных ворот Наньчана, разгромив китайские подкрепления из Третьей зоны боевых действий. К японским войскам подошло подкрепление, и они начали окружать и осаждать город. Город Наньчан пал на следующий день, и китайские защитники понесли тяжелые потери. Японская армия продолжала расчищать сельскую местность в течение марта и апреля, ознаменовав окончание первого этапа кампании.
Несмотря на потерю города Наньчан, китайские войска в Цзянси продолжали удерживать оборону. В конце апреля, часть японских войск была переброшена в другие районы. Китайские националисты увидели возможность для контратаки, чтобы вернуть город. 21 апреля с севера, запада и юга Наньчана началось внезапное наступление войск Третьего и Девятого военных округов. На юге это внезапное наступление быстро прорвало позиции японцев и стало продвигаться к Наньчану. После пяти дней безостановочного продвижения 32-я группа армий на фронте Южного китайского фронта достигла внешнего района Наньчана. На протяжении всего китайского наступления японцы все еще сохраняли контроль над рекой Сюйшуй и постоянно получали припасы и подкрепления на протяжении всего пятидневного наступления китайских войск
Начиная с 27 апреля, японцы начали контрнаступление против южных войск. При поддержке тяжелой артиллерии и авиации японцы отбили несколько своих опорных пунктов вокруг города и заставили китайские дивизии отступить. В течение следующей недели продвижение было приостановлено с обеих сторон, поскольку они удерживали свои оборонительные позиции. 2 мая китайцы начали новое наступление, чтобы попытаться положить конец конфликту из-за города, но подошедшие подкрепления японцев устояли. После нескольких дней напряженных боев и тяжелых потерь китайской армии, китайцы были истощены и вынуждены отступить 9 мая. Также измученные боем, японцы не преследовали отступающую китайскую армию.
Японская пехота и танк Тип 89 во время битвы у Наньчана.
Потери в боях вокруг Наньчана составили 51 328 убитых и раненых китайцев и 24 000 японцев. После падения Наньчана японцы укрепили свой контроль над провинциями Цзянси и Хунань. Однако националисты продолжали сохранять свое присутствие в этом районе. Японские силы были еще более подорваны пограничными столкновениями с Советским Союзом в боях на Халхин-Голе.