Положение советской власти, после революции и Гражданской войны, было шатким. Попытка выстроить четкую вертикаль власти наталкивалась на сопротивление. Эти обстоятельства Сталин считал довольно опасными. Так, 1930-е годы отразились не только пиком раскулачивания, но и «национальных чисток». В 1936 году Николай Ежов в должности наркома внутренних дел СССР сменил Генриха Ягоду и репрессивная машина начала стремительно набирать обороты. 2 июля 1937 года решением Политбюро ЦК ВКП(б) П51/94 «Об антисоветских элементах» предписывалось в пятидневный срок составить списки всех лиц, причастных к антисоветским акциям и таким образом подлежавшим расстрелу или высылке. Тогда же, 30 июля 1937 года, Ежов издал приказ № 00447 «Об операции по репрессированию бывших кулаков, уголовников и других антисоветских элементов».
Решение Политбюро ЦК ВКП(б) № П51/94.
Страница приказа № 00447 НКВД.
Начало репрессиям положила директива № 50215 от 11 декабря 1937 года за подписью народного комиссара внутренних дел СССР Н. И. Ежова. Она сообщала, что органы НКВД разоблачили и должны немедленно ликвидировать широкую сеть греческих националистических, шпионско-диверсионных, повстанческих, вредительских организаций, конечной целью которых является ликвидация советской власти в местах компактного проживания греков на территории Советского Союза и установления буржуазного государства фашистского типа. Она четко указывала число греков, которых необходимо арестовать, сколько из них расстрелять и отправить в лагеря на 10 лет. На подготовку списков с фамилиями для выписки ордеров на арест отводилось трое суток.
15 декабря 1937 года волна арестов прошла в Грузии, Крыму, Донецкой и Одесской областях, в Краснодарском крае и Азербайджане. Операция оказалась наиболее кровавой среди других «национальных чисток» на территории СССР. В первую же ночь в Харькове среди более 30 греков арестовали Константина Челпана — главного конструктора двигателя танка Т-34, которого недавно наградили орденом Ленина. За десять дней операции в республиках Советского Союза арестовали около 8000 греков, из которых 3470 человек расстреляли. Аресты греков по стране проводились по ноябрь 1938 года. Всего было арестовано примерно 15-20 тысяч греков — как граждан СССР, так и подданных Греции. Главными стали обвинения в шпионаже и контрреволюционной деятельности. На 1января 1939 года в лагерях содержалось около 2,5 греков, из которых к 1941 году почти 800 человек погибло.
Греки Кубани в 1948 году перед депортацией.
Следующее массовое выселение греков было предпринято в 1942 году на Кубани и в Керчи. В 1944 году, после отступления фашистских войск, в Узбекистан были депортированы греки остальной части Крыма. В ночь на 13 июня 1949 года началась последняя стадия депортации греков СССР в Среднюю Азию и Казахстан. За одну ночь в спецэшелонах идущих на Восток оказалось около 40 тысяч представителей автохтонного населения Причерноморья. Всего за период с 1942 по 1949 было депортировано более 60.000 греков. В 1956 году многие из выживших греков, вернулись обратно на прежние места жительства.
Следует отметить, что ни бывший СССР, ни страны, образовавшиеся после его распада, греков как нацию не реабилитировали. Прошла только поименная реабилитация граждан. Никакой компенсации и официальной реабилитации как пострадавшим от сталинских репрессий советское государство грекам не предоставило. Некоторым из них впоследствии позволили эмигрировать в Грецию, а после краха СССР этот процесс принял лавинообразный характер — особенно в Закавказье и Средней Азии.