Процесс по делу об айнзацгруппах начался 29 сентября 1947 года. Каждому из 24 обвиняемых было предъявлено обвинение по всем трём пунктам, за период с мая 1941 по июль 1943 года. Все обвиняемые отказались признать себя виновными. Защита утверждала, что они действовали легально в качестве солдат и просто исполняли приказы. С 1941 по 1945 год айнзацгруппы убили около 2 миллионов человек, в т.ч. 1,3 миллиона евреев, до 250 тысяч цыган и около 500 тысяч так называемых «партизан», инвалидов, славян, политкомиссаров, гомосексуалистов и других. Суд указал в своем решении:
«… в данном случае подсудимых обвиняют не просто в планировании или руководстве массовыми убийствами по каналам. Их не обвиняют в том, что они сидят в офисе за сотни и тысячи миль от бойни. Особо утверждается, что эти люди активно руководили, контролировали, направляли и принимали активное участие в кровавой жатве на местах».
Обвинительное заключение было первоначально предъявлено 3 июля, а затем 29 июля 1947 года в него были внесены поправки, в которые также были включены обвиняемые Штаймле, Брауне, Хенш, Штраух, Клингельхёфер и фон Радецки.
Пол Блобель слушает приговор о смертной казни.
10 апреля 1948 года суд огласил приговор. Все подсудимые «не признали себя виновными». Трибунал признал их всех виновными по всем пунктам, кроме Рюля и Графа, которые были признаны виновными только по пункту 3 обвинения. Решением трибунала к смертной казни через повешение были приговорены: Олендорф, Науман, Блобель, Блюме, Зайберт, Штаймле, Биберштейн, Брауне, Хенш, Отт, Клингельхёфер, Шуберт, Штраух, Зандбергер. Однако 10 смертных приговоров в 1951 году были заменены тюремным заключением. К пожизненному заключению приговорили Йоста и Носске. К 20 годам: Шульца, Зикса, фон Радецки. К 10 годам: Рюля и Фендлера. Дело Отто Раша было закрыто из-за слабого здоровья подсудимого, Хаусман покончил жизнь самоубийством до вынесения приговора. В 1958 году все осужденные были освобождены из тюрем.