Институт комиссаров при военачальниках появился на территории СССР еще во времена Февральской революции 1917 года. Затем их статус был законодательно закреплен при создании Красной Армии. Задачей комиссаров был надзор за действиями военачальников в части соблюдения политики правящей партии. Кроме того, комиссары руководили пропагандисткой работой в армии. В 1919 году уже был создан специальный орган в армии – сначала политотдел, затем политуправление. К началу 1920 года в Красной Армии было более 3 тысяч комиссаров.
Комиссары в Красной Армии обладали огромными правами и привилегиями: комиссар подразделения мог и обязан был участвовать в разработке, обсуждении и принятии планов боевых действий, а его права в отношении личного состава подразделения не уступали правам командира. При подозрении в нелояльности беспартийного командира подразделения комиссар имел право принять на себя командование, отстранив командира от должности, а в случае необходимости арестовав его.
С одной стороны, столь обширные полномочия комиссаров были необходимы новому большевистскому руководству страны и армии, поскольку большинство командных должностей в Красной Армии занимали офицеры царской армии, поступившие на службу в РККА. Руководству государства требовались гарантии того, что эти командиры не смогут повернуть оружие против Советской власти. С другой стороны, во многих случаях это фактическое двоевластие приводило к негативным последствиям, поскольку комиссары, обычно не имевшие специального военного образования, попросту мешали командирам нормально управлять подразделениями.
В 1935 году в армии были введены специальные звания для политработников: «младший политрук», «политрук» и «старший политрук», соответствовавшие общим воинским званиям «лейтенант», «старший лейтенант» и «капитан». Старшие политработники имели специальные звания со словом «комиссар»: «батальонный комиссар» (майор), «полковой комиссар» (полковник), «дивизионный комиссар» (комдив) и так далее. К концу 1937 года в армии числилось около 30 тысяч политработников.
В 1938 году решением ЦК ВКП(б) были введены должности заместителей и помощников политруков подразделений (уровень взвода), сыгравших немалую роль в воспитании личного состава. В 1940 году, по настоянию Народного Комиссара обороны Маршала Советского Союза С. К. Тимошенко, должности комиссаров заменили должностью помполита.
Институт военных комиссаров был восстановлен указом Президиума ВС СССР от 16 июля 1941 года на основании решения Политбюро ЦК ВКП(б). Однако 9 октября 1942 года Указом Президиума Верховного Совета СССР «Об установлении полного единоначалия и упразднении института военных комиссаров в Красной Армии» институт комиссаров был заменён институтом заместителей командиров по политический части (замполитов). Вместе с тем, должности членов Военных советов фронтов и армий сохранились. 120 тысяч политработников переводились на командные должности, три тысячи были направлены в только, что созданное Главное управление контрразведки «СМЕРШ» при Наркомате обороны СССР.
Бригадный комиссар Л. И. Брежнев вручает партийный билет помкомвзвода А. Малому, 1942 г.
Бригадный комиссар Веселов «обучает» бойцов. Крымский фронт, 19 мая 1942 г.
Отменить институт военных комиссаров Сталина отчасти вынудил огромный дефицит командирских кадров, создавшийся после поражений и неудач начального периода войны. Например, только в окружении под Киевом летом 1941 года РККА потеряла около 60 тысяч человек командного состава. По некоторым источникам институт военных комиссаров был упразднён также и по настоянию многих военачальников. Так, например, осенью 1942 года Конев в разговоре со Сталиным поставил вопрос о ликвидации института военных комиссаров в Красной Армии, мотивируя тем, что этот институт сейчас не нужен. Главное, что сейчас нужно в армии, доказывал он, это единоначалие. Конев говорил: «Зачем мне нужен комиссар, когда я и сам им был! Мне нужен помощник, заместитель по политической работе в войсках, чтобы я был спокоен за этот участок работы, а с остальным я и так справлюсь. Командный состав доказал свою преданность Родине и не нуждается в дополнительном контроле, а в институте военных комиссаров есть элемент недоверия нашим командным кадрам». По воспоминаниям современников маршал Жуков «…действительно хотел убрать из армии политработников. По его мнению, они лишь разлагают Вооружённые Силы. Жуков в узком кругу называл их шпиками и не раз говорил…: «Сколько же можно их терпеть. Или мы не доверяем офицерам?».
Замполиты не имели комиссарских полномочий, их функции ограничивались политической работой среди личного состава. Организационно замполит не занимал особого положения, считаясь одним из заместителей командира и в полной мере ему подчиняясь. В большинстве своём после замены должностей комиссары частей и соединений автоматически стали замполитами. Тем из них, кто имел воинские звания политсостава, были присвоены общевойсковые воинские звания. Некоторое время замполитов продолжали неофициально называть «комиссарами», но со временем это обыкновение отмерло.