Немецкая оккупация Албанского королевства пришла 8 сентября 1943 года на смену итальянской. Немцы, вошедшие в Албанию, объявили, что намерены восстановить суверенитет Албании, попранный итальянцами. Для этого было создано прогерманское марионеточное правительство, которое опиралось на поддержку вооружённых отрядов Северной Албании и Косово.
Немецкие войска в Албании.
Им противостояли албанские организации сопротивления, со временем объединенные в Национальный освободительный фронт (НОФ), большинство в котором занимали албанские коммунисты. В начале сентября 1944 года Национальная освободительная армия Югославии начала постепенно продвигаться к столице Албании, координируя свои действия с НОФ. К началу зимы партизанская армия выбила оккупантов из многих городов и районов Центральной и Южной Албании. Вооружённые силы НОФ насчитывали в тот период около 20 тысяч бойцов. Но в ноябре 1943 года началось наступление гитлеровской армии в Южной и Центральной Албании. Командование Вермахта ставило своей задачей обеспечение широкого коридора для прохода своих войск из Греции в Центральную Европу через Албанию и Югославию при одновременной ликвидации движения Сопротивления в этих странах, и частично ему удалось достичь своих целей. Генштаб НОА оказался надолго блокированным в горном районе Черменики к северо-востоку от Эльбасана, прервалась его связь с региональными партизанскими силами. В начале января 1944 года немцы предприняли новое общее наступление против партизанских сил на юге и в центре страны. Напряжённые бои развернулись между Корчей и Бератом; несмотря на получение подкреплений из Греции немцам так и не удалось занять Пермети.
Несмотря на вынужденное отступление в горы, самороспуск едва сформировавшихся воинских частей НОА, партизанам удалось не только сохранить основной боевой потенциал, но и быстро восстановить его. В начале марта 1944 года смог прорваться из блокады Генштаб НОА. Победа советских войск под Ленинградом и Новгородом, на Буге и Днестре, выход на границу с Румынией и Чехословакией заставили германское командование приступить к выводу части войск с запада Балканского полуострова и переброске их на Восточный фронт. Албанская Национально-освободительная армия восстанавливала власть Советов, расширяла свободные зоны в Южной и в значительной части Центральной Албании. К весне 1944 года в Албании действовали четыре окружных Национально-освободительных совета, осуществлявших административные функции в освобождённых городах и деревнях префектур Гирокастры, Влёры, Берата и Корчи.
Югославские войска в Албании.
Великобритания долго пыталась контролировать ситуацию в Албании, надеясь на возможность повторения в Албании греческого опыта ограничения влияния коммунистов во временных органах власти. Когда летом 1944 года немецкие войска начали серию наступательных операций против партизан, части НОА получил поддержку с воздуха от британской авиации, базировавшшейся около Бари. В сентябре 1944 года начался отвод немецких войск из южной Греции. Их основной путь пролегал через Албанию. Командование британских войск потребовало у генштаба НОА разрешения высадить десант на побережье Ионического моря в районе Саранды, чтобы принять участие в освобождении города и таким образом создать видимость совместной борьбы против оккупантов. Генштаб согласился, но поставил в качестве условия отвод войск сразу, же после завершения операции, что и было выполнено. Британцам не удалось легализовать своё присутствие в Албании.
К осени 1944 года в Албании действовали 24 бригады НОА, которые наносили ощутимые удары по отступающим немецким войскам и открыто вставшим под их командование отрядам националистов. Большая часть народа Косово, гнусно обманутая пропагандой немецких захватчиков, поставила себя на службу германской армии, вступила в ряды предателей и боролась с оружием в руках против национально-освободительных югославской и албанской армий. 17 ноября 1944 года была освобождена Тирана. 29 ноября немецкие войска и их албанские приспешники покинули Шкодру — последний опорный пункт в Северной Албании. Несколько бригад Национально-освободительной армии совместно с частями НОАЮ приняли участие в освобождение Черногории.
Албанские партизаны в Тиране.
Новое коммунистическое руководство Албании благодарило за помощь в борьбе Красную Армию и Иосипа Броз Тито. Впоследствии именно СССР и Югославия были объявлены главными врагами диктаторского режима Энвера Ходжи, культ личности которого в маленькой стране едва не переплюнул сталинский.