18 декабря 1940 года после внесения некоторых уточнений в проект, Гитлер подписал директиву № 21 верховного главнокомандования вермахта, получившую условное наименование «Вариант Барбаросса» и ставшую основным руководящим документом в войне против СССР. Вооружённым силам Германии ставилась задача «разгромить Советскую Россию в ходе одной кратковременной кампании», для чего предполагалось использовать все сухопутные войска за исключением тех, которые выполняли оккупационные функции в Европе, а также примерно две трети ВВС и небольшую часть ВМС. Стремительными операциями с глубоким и быстрым продвижением танковых клиньев германская армия должна была уничтожить находившиеся в западной части СССР советские войска и не допустить отхода боеспособных частей вглубь страны. В дальнейшем, быстро преследуя противника, немецкие войска должны были достичь линии, откуда советская авиация была бы не в состоянии совершать налеты на Третий рейх. Конечная цель кампании — выйти на линию Архангельск -Волга -Астрахань, создав там, в случае надобности, условия немецким ВВС для «воздействия на советские промышленные центры на Урале».
Окончательный вариант плана «Барбаросса».
В качестве ближайшей стратегической цели войны против СССР были поставлены разгром и уничтожение советских войск в Прибалтике, Белоруссии и на Правобережной Украине. Предполагалось, что в ходе этих операций Вермахт достигнет Киева с укреплениями восточнее Днепра, Смоленска и района южнее и западнее озера Ильмень. Дальнейшая цель заключалась в том, чтобы своевременно занять важный в военном и экономическом отношении Донецкий угольный бассейн, а на севере — быстро выйти к Москве. К операциям по взятию Москвы директива требовала приступить лишь после уничтожения советских войск в Прибалтике, захвата Ленинграда и Кронштадта.
Задача германских ВВС заключалась в срыве противодействия советской авиации и поддержке собственных наземных войск на решающих направлениях. От военно-морских сил требовалось обеспечивать оборону своего побережья, не допуская прорыва советского флота из Балтийского моря. После нейтрализации советского флота им предстояло обеспечивать германские морские перевозки на Балтике и снабжать по морю северный фланг сухопутных войск. Начало вторжения было намечено на 15 мая 1941 года. Предполагаемая продолжительность основных боевых действий составляла по плану 4-5 месяцев.
Страница директивы Гитлера №21 от 18.12.1940 г.
В январе 1941 года был проведен ряд игр на картах, а также сформулированы основы действий немецких войск на каждом из операционных направлений. В итоге было проведено совещание в Берлине 31 января 1941 года, на котором фельдмаршал фон Браухич информировал, что германский план базируется на предположении о сражении Красной армии к западу от линии Западной Двины и Днепра.
31 января главнокомандующий сухопутных войск генерал-фельдмаршал В. фон Браухич подписал директиву ОКХ № 050/41 по стратегическому сосредоточению и развёртыванию Вермахта, а 3 февраля вместе с Гальдером доложил её Гитлеру. Директива, развивавшая и конкретизировавшая принципы войны против СССР, изложенные в директиве №21, определяла конкретные задачи всем группам армий, армиям и танковым группам на глубину, которая обеспечивала достижение ближайшей стратегической цели: уничтожение войск Красной Армии к западу от Днепра и Западной Двины. Предусматривались мероприятия по взаимодействию сухопутных войск с ВВС и ВМФ, сотрудничеству с государствами-союзниками, переброске войск и др.
Игры на картах в ОКХ по плану «Барбаросса».
В связи с решением Гитлера расширить масштабы операции «Марита» (нападение на Грецию), для которой потребовалось привлечение дополнительных сил, в середине марта 1941 года в план войны против СССР были внесены изменения, касавшиеся в основном действий на южном фланге германской группировки. 12-я армия, которая должна была действовать здесь, по приказу Гитлера была полностью задействована в Греции и была оставлена там после завершения балканской кампании. В связи с этим было признано возможным на первом этапе войны против СССР ограничиться на восточной границе Румынии сковывающими действиями германо-румынских войск.
Указания Гитлера по изменению плана операции «Барбаросса» нашли отражение в директиве Браухича № 644/41 от 7 апреля 1941 года. В ней указывалось, что выделение дополнительных сил для Балканской кампании потребовало перенесения начала операции на более поздний срок — на четыре — шесть недель. Все подготовительные мероприятия, включая переброску подвижных соединений, необходимых для наступления в первом оперативном эшелоне, директивой требовалось завершить приблизительно к 22 июня. С целью сохранения секретности вооружённые силы Румынии, Венгрии и Финляндии получили конкретные задачи только перед началом войны.
План нападения на СССР также предусматривал использование ресурсов захваченных территорий, определявшееся планом «Ольденбург», разработанным под руководством рейхсмаршала Геринга и утверждённым Гитлером 29 апреля 1941 года.
9 мая 1941 года Альфред Розенберг сделал доклад фюреру о плане расчленения СССР и создания местных органов управления. На территории СССР предусматривалось создать пять рейхскомиссариатов, подразделяющихся на генеральные комиссариаты и, далее, на районы. План был принят с рядом поправок.
28 апреля 1941 года главнокомандующий сухопутных войск генерал-фельдмаршал В. фон Браухич издал приказ «Порядок использования полиции безопасности и СД в соединениях сухопутных войск». В этом приказе подчёркивалось, что войсковые командиры совместно с командирами специальных карательных формирований службы безопасности (СД) несут ответственность за проведение акций по уничтожению в тыловых прифронтовых районах без суда и следствия коммунистов, евреев и «прочих радикальных элементов».
Сопроводительная записка к приказу «Об особой подсудности в районе «Барбаросса» от 13 мая 1941 г.
В свою очередь, 13 мая 1941 года начальник штаба ОКВ генерал-фельдмаршал В. Кейтель издал приказ «Об особой подсудности в районе «Барбаросса» и особых полномочиях войск». Этот документ снимал с солдат и офицеров Вермахта любую ответственность за будущие уголовные преступления на оккупированной территории СССР. Им предписывалось быть безжалостными, расстреливать на месте без суда и следствия всех, кто окажет хотя бы малейшее сопротивление или будет сочувствовать партизанам.
Сопроводительная записка к «Инструкции об обращении с политическими комиссарами» от 6 июня 1941 года.
Далее, 6 июня 1941 года штаб ОКВ издал «Инструкцию об обращении с политическими комиссарами» («Приказ о комиссарах»). Солдатам и офицерам Вермахта предписывалось истреблять на месте всех попавших в плен политработников Красной армии.
Таким образом, к середине июня 1941 года, план «Барбаросса» был полностью проработан и готов к осуществлению на практике.