Дунайская военная флотилия была сформирована на Дунае в июле 1940 года, в связи с присоединением Бессарабии к СССР. Первоначально базировалась в Измаиле. В состав флотилии вошли корабли, выделенные из состава Днепровской флотилии и Черноморского флота. Операционная зона флотилии простиралась более чем на 120 км — от устья реки до порта Рени. Флотилия входила в состав Черноморского флота, а оперативно была подчинена Одесскому военному округу. Перед флотилией стояли задачи: не допустить прорыва кораблей противника ниже порта Рени; не дать ему форсировать реку на участке Галац — устье Дуная; отразить совместно с армейскими частями попытку удара с направления Галац на Джуржулешты.
Катер Дунайской флотилии.
К началу войны побережье в районах Галаца, Исакчи, Чатала и Периправы было оборудовано противодесантными средствами, здесь же были установлены береговые батареи Дунайского сектора береговой обороны, организационно входившего в состав флотилии. За несколько дней до начала военных действий Дунайская флотилия была оперативно подчинена 14-му стрелковому корпусу, на который возлагалась оборона всей Южной Бессарабии.
Перед войной флотилия насчитывала 92 единицы плавсредств. Также флотилии были оперативно подчинены 1 истребительная эскадрилья ВВС ЧФ (14 истребителей), 5 артиллерийских батарей, 1 зенитно-артиллерийский дивизион, 1 пулемётная и 1 стрелковая роты, и другие части Дунайского сектора береговой обороны Черноморского флота.
В начале Великой Отечественной войны совместно с войсками Южного фронта отражала удары румынских войск в ходе Приграничных сражений в Молдавии. 24 — 25 июня 1941 года корабли флотилии успешно высадили самые первые в годы Великой Отечественной войны советские десанты на Дунае и содействовали обороне захваченных на румынском берегу плацдармов почти месяц — до 19 июля. Флотилия активно поддерживала войска Южного фронта в оборонительной операции в Молдавии. В связи с отходом советских войск перебазировалась в Одессу, затем Николаев и Херсон, обеспечивала переправы через Южный Буг и Днепр. Корабли и личный состав флотилии участвовали в обороне Одессы. Расформирована 21 ноября 1941 года.
Высадка Дунайского десанта. 24-25 июня 1941 г.
Вторично флотилия была создана приказом Наркома ВМФ от 13 апреля 1944 года. Основой для её формирования послужила бывшая Азовская военная флотилия Черноморского флота. Переброска первых кораблей и материальной базы флотилии началась с Азовского моря в Одессу по железной дороге, поскольку Крым ещё не был освобождён. Для перебазирования потребовалось 16 железнодорожных эшелонов (более 600 вагонов и платформ). Боевые катера грузились на платформы в Ейске, Ахтари и Новороссийске, разгружались в Запорожье, а затем своим ходом переходили в Днепровско-Бугский лиман.
К началу июля в Одессе, Очакове и Херсоне были сосредоточены: бригада бронекатеров (22 бронекатера, 10 полуглиссеров, 10 катеров «ЗИС»); отдельная бригада речных кораблей (монитор «Железняков», 14 бронекатеров, 12 минометных катеров, 22 катера-тральщика, 15 полуглиссеров); сектор береговой обороны – пять батарей (18 орудий береговой артиллерии калибром 120-152-мм), отдельный зенитный артдивизион (14 орудий калибром 45-85-мм), отдельный батальон морской пехоты, отдельный дивизион дымомаскировки и дегазации (четыре катера). Дунайская военная флотилия после завершения ее развертывания имела в своем составе один монитор, 50 бронекатеров, 18 минных катеров, 22 катера-тральщика, 12 полуглиссеров, отдельный батальон морской пехоты, четыре артиллерийские и одну минометную батарею, зенитный артиллерийский дивизион, плавучую артиллерийскую батарею.
Командиры бронекатеров Дунайской флотилии получают боевую задачу. Август 1944г.
Катера Дунайской военной флотилии в порту Вилково. Август 1944 г.
Бронекатера Дунайской военной флотилии входят в порт Галац. Август 1944 г.
Боевое крещение воссозданная Дунайская флотилия приняла в Ясско-Кишинёвской наступательной операции, затем активно действовала в Белградской операции, Будапештской операции, Венской наступательной операции и в значительном количестве армейских и частных наступательных операций. Флотилия поддерживала артиллерийским огнём приречные фланги сухопутных войск, высадила 20 тактических десантов. Обеспечивая маневр наступавших по берегам Дуная советских войск, флотилия перевезла через него около 1 млн. человек, более 1500 танков и САУ. Расформирована в 1960 году.