Должность председателя Совнаркома СССР Иосиф Сталин занял 6 мая 1941 года, сместив Вячеслава Молотова, который занял пост заместителя главы правительства. Официальной причиной отставки Молотова были его многочисленные просьбы, мотивированные трудностью исполнять обязанности главы правительства наряду с исполнением обязанностей наркома иностранных дел. И хотя многие историки ищут в этом подводные камни, от личной неприязни Сталина к Молотову, до узурпации власти, все они не находят какого-либо подтверждения. При всей коварности отношений в Кремле между власть имущими, на сей раз официальная версия и была почти правдой для народа.
Сталин и Молотов.
Молотов в это время был занят многочисленными зарубежными визитами, сложными переговорами, как в Европе, так и на Востоке. Естественно, что при такой нагрузке ежедневно заниматься экономикой страны он не мог. И самое главное, что он никогда этим и не занимался, хотя формально более 10 лет и занимал пост председателя Совнаркома. Все его обязанности на этом посту сводились к одному – подписанию документов. В подтверждение этому служил и тот факт, что аппарата Совнаркома не существовало вообще. Другими словами как такового правительства в СССР в то время по факту не существовало, хотя юридически оно было. Все функции правительства выполнял ЦК партии через свой аппарат. Члены же правительства, как правило, одновременно являлись и членами ЦК или его руководящего органа Оргбюро или Политбюро.
В условиях, когда по данным разведки 15 мая ожидалось нападение Германии, Сталин решил убрать лишнее звено в бюрократическом документообороте, и назвал вещи своими именами, поскольку реально именно он и являлся главой государства. Теперь с 6 мая 1941 года эта должность официально стала принадлежать ему. Игры в видимость демократии через Советы закончились. Необходимости показывать, что партия является лишь общественной организацией, а не правящим органом, в военный период отпала сама собой.
Во время Великой Отечественной Войны, в период с 30 июня 1941 года по 4 сентября 1945 года, вся полнота власти в СССР вообще перешла Государственному комитету обороны СССР под руководством того же Сталина, который в этот период совмещал должность председателя ГКО СССР с должностями председателя Совнаркома СССР и наркома обороны. На время войны деятельность народных комиссариатов СССР была подчинена ГКО СССР, который не имел своего аппарата и полагался на административные ресурсы наркоматов.
По указу Государственного комитета обороны 15 октября 1941 года Совнарком СССР, вместе с другими органами государственной власти и управления, был эвакуирован в Куйбышев, однако Сталин, будучи председателем ГКО СССР и Ставки Главнокомандования, остался в Москве. В 1946 году в связи с преобразованием Совета Народных Комиссаров СССР в Совет Министров СССР, наименование должности главы правительства СССР было изменено на «Председатель Совета Министров СССР».