Северо-Кавказский фронт первого формирования был образован 20 мая 1942 года на основании директивы Ставки ВГК от 19 мая 1942 года из войск бывшего Крымского фронта, частей, соединений и учреждений, подчиненных главкому Северо-Кавказского направления. В состав фронта включались: 44-я, 47-я и 51-я армии. В оперативном подчинении находились: Севастопольский оборонительный район, Приморская армия, Черноморский флот и Азовская военная флотилия. В последующем в Северо-Кавказский фронт в разное время входили: 9-я, 12-я, 18-я, 24-я, 37-я, 56-я армии, 4-я и 5-я воздушные армии. 28 июля 1942 года решением Ставки ВГК в Северо-Кавказский фронт были переданы войска упраздненного Южного фронта, а в его составе созданы Приморская и Донская оперативные группы войск.
При формировании Северо-Кавказский фронт получил задачи по удержанию Севастопольского оборонительного района и рубежа реки Дон, обороне побережий Черного и Азовского морей. До 3 июля 1942 года войска фронта силами Севастопольского оборонительного района вели оборонительные бои под Севастополем. С 25 июля по 5 августа 1942 года войска фронта вели тяжелые оборонительные бои в нижнем течении Дона, а затем на ставропольском и краснодарском направлениях. В августе-сентябре 1942 года войска фронта провели Армавиро-Майкопскую и Новороссийскую операции, не допустив прорыва противника вдоль Черноморского побережья в Закавказье. 4 сентября 1942 года Северо-Кавказский фронт преобразован в Черноморскую группу войск Закавказского фронта. Командовал фронтом Маршал Советского Союза С. М. Будённый.
Советские войска в обороне на Кавказе.
Северо-Кавказский фронт второго формирования образован 24 января 1943 года на основании директивы Ставки ВГК от 24 января 1943 года на базе Северной группы войск Закавказского фронта. В состав фронта вошли: 9-я, 37-я, 44-я, 58-я армии, 4-я воздушная армия. В дальнейшем ему была передана также Черноморская группа войск Закавказского фронта в составе: 18-й, 46-й, 47-й, 56-й армий, 5-я воздушная армия. В оперативном подчинении командующего войсками Северо-Кавказского фронта находились Черноморский флот и Азовская военная флотилия.
Новороссийская танко-десантная операция.
Новороссийско-Таманская операция.
Войска фронта в январе — начале февраля 1943 года участвовали в Северо-Кавказской операции. В Краснодарской операции они нанесли поражение 17-й немецкой армии и в ходе дальнейшего наступления к началу мая отбросили противника на Таманский полуостров. Со второй половины февраля соединения 18-й армии вели упорные бои по удержанию и расширению плацдарма под Новороссийском. Авиация Северо-Кавказского фронта завоевывала господство в воздухе во время воздушных сражений на Кубани. В сентябре-октябре 1943 года Северо-Кавказский фронт осуществил Новороссийско-Таманскую операцию, в ходе которой 16 сентября освободил Новороссийск, очистил от войск противника Таманский полуостров и завершил освобождение Северного Кавказа. В ноябре 1943 года провел Керченско-Эльтигенскую десантную операцию и, захватив плацдарм на Керченском полуострове северо-восточнее Керчи, создал выгодные условия для освобождения Крыма.
Штурмовой десант в бухте Керчи.
20 ноября 1943 года на основании директивы Ставки ВГК от 15 ноября 1943 года фронт был преобразован в Отдельную Приморскую армию. Фронтом командовали: с января 1943 года генерал-полковник И.И. Масленников, с августа 1943 года генерал-полковник И.Е. Петров.