Несмотря на большое количество партизанских отрядов, образовавшихся в начале Великой Отечественной войны, до лета 1942 года они подчинялись различным руководящим органам: партийным комитетам, НКВД, военным советам разных фронтов и армий. Ситуация изменилась 30 мая 1942 года, когда постановлением Государственного Комитета Обороны был создан Центральный штаб партизанского движения (ЦШПД) при Ставке Верховного Главнокомандования.
Постановление ГКО от 30 мая 1942 года о создании ЦШПД.
Начальник ЦШПД Пономаренко с белорусскими партизанами. Москва, 17 сентября 1942 г.
На него возлагалось установление связи с партизанскими формированиями, направление и координация деятельности штабов партизанского движения, снабжение партизан всем необходимым и осуществление взаимодействия партизанских формирований с советскими войсками. Начальником новой структуры был утвержден П.К. Пономаренко. Первоначально Центральный штаб состоял из шести отделов: оперативного, информационно-разведывательного, связи, подготовки партизанских кадров, материально-технического обеспечения и общего. Также в него входили центральный радиоузел, пункт сбора резерва и школы подготовки кадров. После появились другие отделы, такие как политический, шифровальный, секретный и финансовый. Уже осенью 1942 года Центральный штаб стал разрабатывать крупные операции, рассчитанные на одновременный вывод из строя множества участков железнодорожных путей в тылу врага. Важной частью работы была подготовка кадров для осуществления диверсионных операций и пропагандистская работа среди жителей оккупированных территорий.
Постановление Государственного комитета обороны о расформировании Центрального штаба партизанского движения от 7 марта 1943 года.
В марте 1943 года ЦШПД был упразднен, но через месяц 17 апреля Постановлением ГКО СССР № 3195сс его вновь восстановили при Ставке ВГК. Из подчинения ЦШПД был выведен Украинский штаб партизанского движения. 13 января 1944 года, учитывая, что большинство партизанских отрядов действуют на территории Украинской и Белорусской ССР, которые имеют свои штабы партизанского движения, ГКО СССР решением № 4945сс расформировал ЦШПД. Тем же решением ГКО передал руководство партизанским движением на ещё оккупированной территории ЦК Компартий республик: УССР, БССР, ЭССР, ЛатССР, ЛитССР, Карело-Финской ССР и Крымской АССР и обкомам Ленинградской и Калининской областей.