25 мая 1945 года в Лодзи начался процесс в отношении военных преступлений, совершенных членами СС в концлагере Хелмно. Ряд должностных лиц лагеря, операторов газовых автофургонов и охранников СС предстали перед судом по обвинению в военных преступлениях и преступлениях против человечности, совершенных в концлагере в период с декабря 1941 года по январь 1945 года. Доказательством против обвиняемых были показания выживших свидетелей, бывших заключенных и механиков, обслуживающих технику в лагере.
Газовая «душегубка» в Хелмно.
Суд над виновными из Хелмно отличался от любого другого судебного процесса по военным преступлениям, тем, что лагерь был практически уничтожен СС вместе с большинством следов массового убийства. Прах жертв лагеря из крематория ежедневно сбрасывали в реку Варта, крематорий был взорван с вывозом обломков до фундамента, мобильные газовые камеры были увезены в Берлин, записи были уничтожены. Судьям не было что показать в качестве доказательств. Однако судья Беднарц приказал провести раскопки мусора в яме для сжигания отходов в Шлослагере. Около 24 200 ложек, 4500 ножей и 2500 вилок были обнаружены среди кастрюль, сковородок, очков и многих других полуобгоревших предметов в мусоре. Также было известно, что большинство жертв были евреями из Лодзинского гетто, где были обнаружены хроники операций в гетто. Основываясь на статистике гетто и свидетельских показаниях, суд оценил количество жертв 350 тысяч человек.
Судебное разбирательство выявило лиц из мобильных газовых камер, которые ежедневно уничтожали о 1000 человек. Трое обвиняемых были приговорены к смертной казни, в том числе заместитель коменданта лагеря обершарфюрер Уолтер Пиллер, оператор газвагена гауптшарфюрер Герман Гелов, а также Бруно Израиль из полиции. Все трое были членами специального отряда СС «Кульмхоф», ответственного за истребление евреев и неевреев в оккупированной Польше.
В 1962–1965 годах 11 эсэсовцев из «Кульмхофа» предстали перед немецким судом в Бонне. Им было предъявлено обвинение в убийстве 180 тысяч евреев в лагере. Обсуждения присяжных продолжались в течение трех лет, и закончилось приговорами от 13 месяцев до 13 лет лишения свободы виновным. С половины подсудимых были сняты все обвинения и они освобождены.
Последним обвиняемым в преступлениях в Хелмно был поляк Хенрик Мания. Он был одним из восьми польских заключенных, которые работали с зондеркомандой лагеря. Расследование в отношении его, начатое в 1956 году, было возобновлено в 1991 году. Его судили в 2001 году в Познани. Он был приговорен к 8 годам лишения свободы с учетом его преклонного возраста.