Главное политическое управление Красной армии (ГУПП РККА) и Главное политическое управление ВМФ (ГУПП ВМФ) были созданы 16 июля 1941 года на базе Главное управление политической пропаганды. Истоки политуправлений лежат в существовавшем в СССР еще с 1918 года института военных комиссаров, которые были уполномочены осуществлять политический контроль за действиями командиров воинских формирований, к которым они приданы, а также вести работу по политическому воспитанию и поддержанию морально-психологической боеготовности личного состава данных формирований.
Возвращение комиссаров в начале войны было вызвано необходимостью партийного контроля за командным составом отступающих вооруженных сил. Комиссар занимал должность начальствующего состава во всех самостоятельных формированиях уровня войсковых соединений и воинских частей: корпусах, дивизиях бригадах, полках, батальонах, ротах, батареях, эскадронах, эскадрильях и т. п., а также в различных военных учреждениях. Фактически в армии ликвидировалось единоначалие, поскольку любое решение командира должно было согласовываться с комиссаром. Должность комиссара по рангу приравнивались к должностям командиров соответственных воинских формирований.
Начальник ГУПП РККА с 16.07.1941 по 12.06.1942 — Мехлис Л.З.
Начальник ГУПП РККА с 12.06.1942 по10.05.1945 — Щербаков А. С.
В связи с ликвидацией кризиса в вооруженных силах СССР в октябре 1942 года институт военных комиссаров ликвидируется и взамен его вводится институт заместителей командиров по политчасти, просуществовавший в СССР вплоть до ликвидации последних. Тем самым было восстановлено единоначалие в войсках, а замполиты стали больше заниматься вопросами политического воспитания и поддержания морально-психологической боеготовности личного состава. Однако функция партийного надзора за деятельностью командного состава оставалась за ними до самого распада Советского Союза.