Вспомогательные корабли самая многочисленная составляющая военного флота. Они предназначались для обеспечения деятельности основных сил или подразделений (воинских соединений), а также выполняли вспомогательную роль в проведении отдельных военных операций. Кроме того, корабли осуществляли транспортное обслуживание армии и флота, а также задействовались в эвакуации как военнослужащих, так и гражданского населения. В эту категорию флота входили: вспомогательные крейсера, плавбазы (подводных лодок, тральщиков, торпедных катеров, эсминцев), плавмастерские, гидроавиатранспорты, учебные и штабные корабли, плавучие зенитные и артиллерийские батареи, корабли ПВО, вооруженные ледоколы, корабли снабжения (продовольственного, вооруженные танкеры, транспорты-угольщики). Кроме специально построенных, переоборудованных и приспособленных судов, к «военному делу» при необходимости привлекались практически любые гражданские корабли, как для пассажирских, так и грузовых перевозок. Такие корабли могли использоваться для разовых рейсов или быть мобилизованными на длительный период (год, два, на период военных действий). Суда мобилизовались и реквизировались как у частных лиц, так и у государственных компаний и корпораций. Эти суда могли вооружаться по временной схеме, а могли использоваться и безоружными.
Вспомогательные корабли имелись в каждой морской стране, или в государстве располагающем судоходными реками. Их количество зависело от состава флота и армии, а также от географического расположения страны и степени ее участия в войне. Вместе с тем, в силу выше изложенного определить количество всех категорий вспомогательных судов, как по каждой конкретной стране, так и в целом не представляется возможным.
Краткое описание самых распространенных целевых типов вспомогательного флота выглядит следующим образом.
Вспомогательные крейсера представляли собой переоборудованные и вооруженные (в основном в 1939-1940 гг.) пассажирские и грузопассажирские лайнеры средних размеров. Они предназначались для патрульной и эскортной службы. Отдельную задачу выполняли германские крейсера-рейдеры, которые маскировали оружие и действовали против торгового судоходства в океанах. Как показала практика, крейсера оказались малоэффективными, несли значительные потери. Поэтому во второй половине войны практически все страны начали их перепрофилирование в другие виды вспомогательных судов.
В годы войны официально классифицировано в качестве вспомогательных крейсеров 88 кораблей (погибло 34), в т.ч. по странам: Великобритания – 49 (погибло — 16), Германия – 11 (7), СССР – 1, Франция – 13 (6), Япония – 14 (5).
Гидроавиатранспорты имели: Великобритания – 4, Италия, Франция, Швеция и Югославия — по 1, Япония – 20. Корабли предназначались для базирования гидросамолетов или летающих лодок, по сути являясь их авианосцами. При необходимости могли перевозить любые типы самолетов морской авиации. Существовали как суда специальной постройки, так и переоборудованные с других типов – танкеров, сухогрузов. В США гидроавиатранспорты именовались плавбазами гидроавиации. В период войны использовалось 14 крупных плавбаз и 29 малых.
Корабли для устройства различных плавбаз и плавмастерских строились как по специальным проектам, так и переоборудовались с гражданских судов. В годы войны использовалось около 94 плавбаз и плавмастерских, в т.ч. по странам: Австралия – 1, Великобритания – 65, Германия – 18, Греция – 2, Латвия – 1, СССР – 19, США – 19, Румыния – 1, Финляндия – 1, Япония – 5.
В качестве вспомогательных кораблей в разных странах использовались различные специальные корабли, применение которых в других странах не наблюдалось. Так в СССР, США, Финляндии и Японии использовались вооруженные ледоколы. В Германии и США – штабные корабли. В Германии – плавучие зенитные и артиллерийские батареи, корабли ПВО. В Японии – корабли продовольственного снабжения, военные танкеры, транспорты-угольщики.
В Германии для обеспечения подготовки экипажей подводных лодок использовались торпедоловы — корабли предназначенные для обнаружения, вылова, погрузи и транспортировки выпущенных учебных торпед. Торпедоловы строились путем переоборудования гражданских или старых военных судов водоизмещением 200-300 т. С возможностью размещения до 14 торпед. Всего в годы войны Германией использовалось 36 судов.