4 марта 1939 года парламент Словакии провозгласил независимость Словацкой республики, а немецкие войска оккупировали Чехию. 18 марта Премьер-министр Войтех Тука подписал «Договор об охранных отношениях между Германией и Словацким государством», по которому Германия брала Словакию под свое покровительство и гарантировала ее суверенитет. Таким образом, Словакия стала марионеточным государством Германии. Несмотря на это, Республика была признана 27 государствами, в том числе и СССР.
Договор с Германией предусматривал и координацию действий вооруженных сил обеих стран. 1 сентября 1939 года словацкая армия вступила во Вторую мировую войну на стороне Германии, приняв участие в польской кампании. 21 ноября 1939 года согласно германо-словацкому соглашению Тешинский округ, отторгнутый Польшей в 1938 году у Чехословакии, был передан Словакии.
Финансовая система страны также формировалась из рейха — Германским имперским банком, который определил курс валют выгодный только для немецкой стороны – 1 рейхсмарка стоила 11,62 словацкие кроны. С этого момента экономика Словакии была обречена на роль донора Третьего рейха. Уже 8 декабря 1939 года было заключено германо-словацкое соглашение об отправке рабочей силы из Словакии в Германию.
Президент Словацкой Республики Йозеф Тисо и Гитлер. Июль 1940 г.
27 сентября 1940 года страны Оси в лице министров иностранных дел: Иоахима фон Риббентропа от Германии, Галеаццо Чиано от Италии и Сабуро Курусу от Японии подписали Тройственный пакт сроком на 10 лет. Пакт предусматривал разграничение зон влияния между странами Оси при установлении нового мирового порядка и военной взаимопомощи. Германии и Италии предназначалась ведущая роль в Европе, а Японской империи — в Азии.
Премьер-министр Войтех Тука во время подписания протокола о вступлении Словакии в Тройственный союз.
24 ноября 1940 года Словакия, по требованию Германии, присоединилась к Тройственному пакту. В соответствии с ним, 23 июня 1941 года Словакия объявила войну Советскому Союзу и отправила свои войска на Восточный фронт. 13 декабря 1941 года Словакия объявила войну США и Великобритании.
Ухудшение экономического положения, поражения Германии и ее союзников в 1943 – 1944 годах начало бомбардировок авиацией США городов Словакии, привели к резкому изменению настроений словацкого населения. Летом 1944 года в Словакии начали высаживаться советские диверсионные группы, на основе которых сформировалось партизанское движение. 25 августа германские войска вошли в Словакию. Более трети состава словацких Вооруженных Сил перешла на сторону партизан – началось Словацкое восстание. 1 сентября Словацкий национальный совет взял на себя верховную власть в районах, занятых повстанцами, которых насчитывалось до 80 тысяч человек.
17 января 1945 г. было подписано германо-словацкое соглашение об эвакуации в Германию словацких производственных мощностей и ресурсов для дальнейшего продолжения войны. В условиях общего отступления германских войск и его союзников 3 апреля правительство Республики Словакия прекратило существование. А 4 апреля 1945 года войска 2-го Украинского фронта заняли Братиславу, Словакия была провозглашена опять частью Чехословакии.